כפר תבור

משפחת פייקוביץ, יגאל ושניים מאחיו

ב-1908 קיבלו מיק"א חלקת אדמה במסחה שהייתה בזמנו ישוב ספר נידח, צחיח ללא מקורות מים, ומוקף בשבטי בדואים שעסקו בשוד וביזה.
יגאל נולד כבן זקונים לאב בן 45 ולאם בת 42, כשאחיו הגדול היה כבר בן 22 שנים. התינוק היה כה קטן עד כי אמו חששה לחייו, אך הסבתא הרגיעה אותה והבטיחה לה כי 'זה הקטן עוד יהיה ראש הוועד של מסחה!'. השם יגאל היה בזמנו שם חדשני, וביטא את הכיסופים לגאולה לאחר הצהרת בלפור. 
בספרו האוטוביוגרפי 'בית אבי' תיאר יגאל ילדות מאושרת בחיק הטבע הפראי, בכפר המבודד עם אחוות האיכרים, והמתח הביטחוני המתמיד שהיה לחלק בלתי נפרד מהחיים.

"אהבה עזה אהבתי את ריחות כפר מולדתי. ריחות הבית, החצר. ריחם של בעלי-החיים ריח הגללים וריח השדות החרושים, הקצורים, היבשים. ריחם של השקדיות, פרחי-הבר, הצמחים ויותר מכל: את ריח האדמה לאחר הגשם הראשון. ניחוח החציר היה לי לשם נרדף לריחות האהבה". (בית אבי, עמ' 
 

החיים התנהלו בקצב מחזור עונות השנה, הזריעה והקציר: "אחרי החגים באו הגשמים הראשונים, החורף. עד עצם היום אני חש טעם ראשוני של ילדות כל אימת שעולה באפי הריח המשכר של האדמה הצחיחה, הסופגת לתוכה את מי היורה. לפעמים היה ריח האדמה המעובדת נוסך בנו מן שיכרון כזה, שהיינו גוהרים עליה, נוטלים חופן של אדמה ולועסים אותה. האדמה הייתה דבר-מה נקי, ועובדה היא, עובדה בלתי-מוסברת אולי, שהיא ערבה לחכי". (בית אבי, עמ' 48-9).

אלון סיפר בזיכרונותיו על משוכות הצבר, שהיוו מכשולי הגנה, וסיפקו פירות למאכל. על הדרך בה השכילו לנצל את צמחי הבר: מעלי החוביזה, החלמית היו מכינים תבשילים בלתי נשכחים. אכלו את עלי החמציץ, השמיר הפראי, הסינריה החלבית, החורפיש, המורר, שיזף (דום) ופטל הבר. הדודאים משכו את ליבם של בני הנעורים בשל סיפורי הערבים וסיפורי התנ"ך על סגולותיהם.
על הגילוי של בנות המין השני, ובעיקר של 'הבלתי מושגות' שבהן סיפר בזיכרונותיו:
בטיוליו לתבור "הייתי נתקל לפעמים בנזירה יפת פנים, והשילוב הזה של יופי ונזירות הטריד את המנוחה. יש והמבטים היו מצטלבים, אך גם ממהרים להיפרד. לפעמים היה המבט הזה מלווה אותי במשך ימים רבים. לא אחת הייתי חוזר לשם, מקווה בסתר הלב להיתקל בנזירה הצעירה, יפת העיניים וחיוורת הפנים, אבל שוב לא ראיתיה". (בית אבי, עמ' 20).
כשנסעו לטחון את החיטה בכפר-קמא הצ'רקסי: "לא אחת, תוך הסכנות ממשית בקנאתם חסרת-המחילה של גברי הכפר, אף הייתי מגניב מבט כדי לפגוש מבט השלוח אליך, הזר, מבעד לצעיפיהן של הנערות הצ'רקסיות היפות ורעולות-הפנים. עולם אחר, זר וקוסם". (בית אבי, עמ' 28-26).

"כפר-תבור נתברך בנוף מקסים, בצמחיה עשירה, בבעלי-חיים פראיים ובבני-כנף עתירי-גוון. במרכז הנוף מזדקר – ככיפת ענק – התבור. הר יפה, היפה בהרים אשר ראיתי מעודי. כך הוא בעיני גם כיום, לאחר שראיתי הרים גדולים וגבוהים ממנו. כמו לעצמו הוא ניצב בין ההרים אשר סביב לו: בודד, מוצק ורחב-כתפיים, בעל תווי-ייחוד משלו וקו-רקיע יפה להפליא. למרגלותיו נפרשות כשטיחים כהים רצועות קרקע רחבות ופוריות מאוד". (בית אבי, עמ' 19).

מי שלא היה שותף להתפעלות מכפר תבור ונופיה, היה יוסף ויתקין שמונה ב-1903 למנהל בית הספר המקומי. במכתביו תיאר את סבלו במקום הנידח שבו לא מצא אנשים עמם היה מסוגל לקשור יחסי קירבה:
"שונא אני את הסביבה הגסה והנרקבה באופן שלא ייאמן כי יסופר. מוקף סביבה גסה, סביבה שאתה שונא אותה תכלית שנאה, והיא גם משלמת לך מטבע זו, אף כי שנינו נסתיר רגשות אלו". (לסקוב, עמ' 47).
השנאה לא הופנתה רק כלפי אנשי המקום, אלא גם לנוף:
"ההרים הגבוהים גוזלים ממני את המרחב... נדמה לי כאילו התבור איננו עומד למולי אלא מונח עלי, מעיק בכל כובדו ומשקלו הנורא, ואני קבור, קבור חי". (לסקוב, עמ' 47).

פרופ' אניטה שפירא שכתבה ביוגרפיה בשם 'אביב חלדו' על יגאל אלון הצעיר, תיארה את אופיו של כפר תבור: "כששותלים כפר יהודי, נוסח מזרח-אירופה, בספר הארצישראלי, מתרחשות מטמורפוזות מאלפות. בגליל התחתון צמחה ציביליזציה של ספר נוסח המערב-הפרוע על הרומנטיקה שלה, על סמליה וגיבוריה, על אורחות-חייה וקוד ההתנהגות שלה. בתוך אלה היטיבה משפחת פייקוביץ להשתלב". (שפירא, עמ' 29).
 
כשנאלץ לבחור בשם עברי על פי הוראתו של בן-גוריון באה אהבתו לכפר ילדותו לידי ביטוי: 
ישראל גלילי הציע את השם 'יוגב', יצחק שדה הציע ניר כדי שיהיו שדה וניר, ובן-גוריון את השם 'הגלעדי' כי כינויו של יגאל במחתרת היה יפתח. אמר ליגאל 'אתה תכבוש את הגלעד', ויגאל ענה: 'ואם אכבוש את נבלוס תקרא לי נבלוסי?'. בהתחלה חשב יגאל על בחירת השם 'ראובני' על שם אביו, אך נזכר בעץ האלון שבכפרו, שבקרבתו ידע את הקרב הראשון, ובחר בשם 'אלון'.
 

הזקן והנער
מותה של חיה-עיטל

 
מבחן אומץ נוסף נכפה עליו ביום בר המצווה: השי היה אקדח בראונינג חצי אוטומטי, והמשימה הייתה לשמור לבד בלילה בחלקה מרוחקת. ההוראות שאביו נתן היו שאם מגיעים גנבים יש לירות לעברם, אך לא לפגוע כדי שלא להתחיל מסכת של נקמת דם. הגנבים שהגיעו לא נבהלו, בניגוד למצופה, מהיריות באוויר. בן בר המצווה התלבט מה עליו לעשות, ואז אביו הגיח ממחבואו שם עקב אחר בנו, התנפל עליהם בקללות בערבית במבטא רוסי כבד והם ברחו. בזיכרונותיו כתב:"בלילה ההוא שמחתי הייתה כפולה: לא זו בלבד שעמדתי במבחן, אלא אבא ראה אותי עומד בו. קשה לשער כיצד הייתי מעז לשאת את עיני אליו, אילולא נהגתי כפי שנהגתי". (בית אבי, עמ' 80).
 

השכנים הערבים

העימות עם ערביי הכפרים הסמוכים ליווה את אלון מילדותו: עוד כילד בן 11 היה האב מעלה אותו לעליית הגג, מזיז את הסולם, ומשאיר בידיו גרזן בזמן שיצא לשמירה.
למרות העימות הבלתי פוסק - היו גם יחסי ידידות וקירבה. הפועלים שחיו בחצרות האיכרים כונו 'חראתים'. החראתית הניקה את יגאל התינוק, וכשגדל היו ילדיהם חבריו למשחק. לאחר מות אמו נהג לבלות שבועיים מדי שנה בחופשת הקיץ אצל משפחת ידידים ערבים בכפר עין-מאהל, שם זכה לפינוק ותשומת לב להם לא זכה בביתו. בטיוליו עם אביו נהגו השניים לבקר את מאהל הבדווים עמם התעמתו, וזכו להכנסת אורחים חמה, כי שכניהם ידעו לכבד את מי שגילה אומץ וידע להגן על רכושו.
 

בעלה של המינקת נושא את יגאל על ידיו

על יחס הערבים לאביו סיפר בזיכרונותיו: "על-פי השקפתם ומסורתם היהודי הוא 'ולד-אל-מית', כלומר: בן מוות, והנה הופיע בסביבתם אדם שגם במראהו החיצוני נבדל ממה שנחשב כ'יהודי טיפוסי'. 'האיש הזה איננו יהודי' היו אומרים, 'לא ייתכן שיש יהודים כאלה'. מאידך גיסא גם מוסלמי איננו, ונוצרי על אחת כמה וכמה. מיהו אם כן? הוגיעו והוגיעו את מוחם עד שפסקו: אנסרי. זה היה השם החדש שנתנו ערביי הסביבה לראובן פייקוביץ". (בית אבי, עמ' 94). בני שבט האנסרי התגוררו בצפון סוריה, ונודעו כאנשי מלחמה בעלי דת בלתי ברורה - ספק כופרים ספק עובדי אלילים. 
אירוע המאפיין את היחסים המיוחדים הוא סיפור גיוסם של בני שבט ערב-אל-האב ב-1949: בימי מלחמת השחרור קיבל אלון מידע על פיו מנהיגי השבט שוקלים לתמוך בכוחותינו בשל סכסוך עם שבט אחר. 

יגאל והשייח של שבט ערב אל-האב

הוא ביקר במאהל שלהם, ובשל גילו הצעיר הציג עצמו כשליחו של המפקד. הוא חשש כי השייח' יראה זאת כפחיתות כבוד לנהל משא ומתן עם מי שלא מלאו לו עדיין שלושים, אך השייח' אמר לו: "אל תנסה לשטות בזקן כמוני. אני מכיר את אביך מזה שנים רבות. אתה הוא המפקד היהודי, ומתוך אמון בך אני מוכן לקשור את גורל שבטי עם גורלכם". (בית אבי, עמ' 97). 
אניטה שפירא סיכמה: "יחסו של יגאל לערביי ארץ ישראל היה משוחרר מכל סנטימנטליות רומנטית. זהו יחסו של בן-הארץ, המכיר היטב את הערבים, אוהד אותם במישור האישי, אך מודע משחר נעוריו למציאות של העימות הלאומי. לא היה בו רבב בכל הנוגע להתעללות בערבים, למעשי אכזריות או שוד... אך בכל הנוגע למערכת היחסים בין שני העמים, הוא ראה במלחמת העצמאות הזדמנות היסטורית חד פעמית לשינוי המאזן הדמוגרפי וההתיישבותי בין היהודים לערבים. הזדמנות שלא היהודים יזמו אותה, ולטעמו, הם גם לא ניצלו אותה כיאות". (שפירא, עמ' 376).
 

בבית הספר 'כדורי' 

יגאל למד במחזור הראשון של בית הספר כדורי שהוקם ב-1933 בזכות תרומתו של סיר אליס אליהו כדורי, יהודי יליד עירק שפעל בהונג-קונג. בכיתה היו 24 נערים שרובם הגיעו מגימנסיות עירוניות. הפער ברמת הידע של מי שלמד בבית ספר יסודי במושבה נידחת, לבין בוגרי בית הספר הריאלי בחיפה או גימנסיה הרצליה בתל אביב כמעט גרם לו להתייאש. אך הוא לא נכנע, ובעזרת חבריו ובמאמצים אדירים הצליח לצמצם את הפער. היו לו גם יתרונות מול חבריו העירוניים, שכינו אותו ג'בלי - ההררי: היה לו ידע מעשי בעבודה חקלאית, הוא רכב על סוס ללא אוכף, הכיר את הסביבה ואת השכנים הערבים. 
מה שהרשים את חבריו יותר מכול היה הקשר הרומנטי שלו עם עדה, בתו של המנהל שלמה צמח, לימים עדה ורטה: "באותו מדבר נשי, שהיה כדורי, פרח פרח בודד, הלוא היא בתו של המנהל. עדה לא התגוררה בכדורי, שכן למדה בריאלי בחיפה, אבל הייתה באה הביתה לחופשות ולשבתות. יפה, עדינה, משכילה, היא הייתה שונה מכל הנערות שנקלעו בדרכו של יגאל עד כה. היא הייתה צעירה מיגאל בכשנתיים, והייתה האינטלקטואלית מבין שניהם...
 

עדה צמח

נקל להבין מדוע מצאה חן בעיניו: היא הייתה סמל של כל העולם החדש שאך-זה החל להיפתח לפניו בכדורי. היא הייתה נערה יפה: הייתה בתו של המנהל. מכל הכיבושים שכבש בכדורי, זה היה אולי החשוב ביותר. ואילו עדה, מצדה, ראתה בו נער צעיר יפה-תואר ומושך לב, עם איזו רעננות של איש-האדמה, הקרוב לטבע, היודע לרכוב על סוס, עם פשטות של גישות והליכות, שקסמה לבת העיר המתוחכמת. הוא גם היה מבוגר ממנה ומנוסה בעניינים שבינו לבינה, מה שפיצה על יתרונה בהשכלה". (שפירא, עמ' 77). הידידות נמשכה ארבע שנים, עד שסיימה את לימודיה. עם אביה, ניהל על כוס תה את השיחות האינטלקטואליות הראשונות בחייו. 
על המנהל שלמה צמח כתב יגאל בזיכרונותיו: "שלמה צמח, הסופר והמבקר, הפליאנו בהרצאותיו ובשיחותיו על בוטניקה, מזה, ועל ספרות עברית וכללית, מזה. כל מורי פתחו לפני עולמות אשר ידיעותיי שבהם היו מוגבלות עד אז, אך במיוחד שלמה צמח אשר, כאמור, קרע לפני צוהר לערכי חברה ואדם, ובעקיפין – אל תנועת העבודה, אם כי תמיד דיבר בכבוד ובהערכה על איכרי המושבות, ביחוד על איכרי הגליל". (בית אבי, עמ' 146-8).
אנשי כפר תבור לא השתייכו לתנועות הפועלים, ויגאל נטה לתנועת 'בני בנימין' של בני המושבות. לאחר שפעילותה הסתיימה, הקים עם חבריו בכפר תבור סניף של 'מכבי הצעיר'. בכדורי, חל אצלו המהפך אל עבר תנועת הפועלים, בהשפעתו של צמח, אך בעיקר בהשפעת חבריו שהשתייכו לתנועות הנוער הסוציאליסטיות. (מ. מקום 1). מיכה גולדמן, יליד כפר תבור שכיהן כראש המועצה שלה וכחבר כנסת וסגן שר מטעם מפלגת העבודה סיפר כי יגאל אלון ניסה בגיל 16 לשכנע את מרכז 'מכבי הצעיר' להפוך לתנועה מגשימה. כשהצעתו נדחתה באסיפת התנועה, חזר לכפר תבור ושכנע את חבריו לעבור לתנועת הנוער העובד. (מ. מקום 17).
בשלהי לימודיהם החלו 'המאורעות', בית הספר נסגר באופן זמני, ויגאל וברנדשטטר מיבנאל התגייסו כנוטרים בגוש טבריה. 
 

יגאל כנוטר

למרות ההתלהבות מהשירות הביטחוני ראו הנערים בהתיישבות החקלאית את מטרת הציונות החשובה ביותר. חברי כיתתו ביקשו להקים יחד יישוב, ובינואר 1937 כבר הגישו כמה מהבוגרים, בהם יגאל, בקשה להקצות להם קרקע. לימודים גבוהים וטיפוח קריירה אישית נתפסו בעיניהם כסוג של בגידה בייעוד הלאומי.

 

הדרך לגינוסר
חלומו של ראובן פייקוביץ מתנפץ

יגאל ואביו ראובן פייקוביץ

לאחר סיום לימודיו חזר בחוסר חשק לכפר תבור, והבין כי לא יוכל ליישם במקום את השיטות החקלאיות החדשות שלמד, וכי אין לו כל רצון להישאר במקום. כאשר אביו חלה ואושפז, הוטל כל עול כל המשק על כתפיו. בהחלטה ספונטנית החל ביום אחד למכור את כל תכולת החווה, כולל הציוד, המכונות וחיות המשק. הוא הותיר רק עגלה וזוג פרדות שאותם העביר לבית אחיו, כדי שיספקו הכנסה לאביו בזקנתו. אחיו היו מזועזעים מההחלטה שבעיניהם הייתה חסרת אחריות. כולם פחדו פחד מוות, ובמיוחד יגאל, מתגובת האב. התגובה, למרבה ההפתעה, הייתה מתונה, והוא כעס על הבנים שהרשו ליגאל לצאת לדרכים לבדו בימי הסכנה ההם. 
אניטה שפירא כתבה: "מבלי שנתן לעצמו דין-וחשבון על כך, הייתה זו המערכה על אישיותו-שלו מול צלו הכבד של אביו. וכמו בכל מערכה שיש בה מן היסוד האדיפאלי, יצא ממנה יגאל בתחושת ניצחון מלווה ברגשות אשמה. רגשות-האשמה הניבו לימים את 'בית אבי'. הניצחון הניב את יגאל אלון". (שפירא, עמ' 90). 
 

גינוסר

על החלטתו ללכת לקיבוץ כתבה שפירא כי עם כל הכבוד למעטה האידאולוגי שאלון העניק להחלטתו, הייתה זו יותר השפעה חברתית של חבריו לספסל הלימודים. הקיבוץ היה מקום שצעירים, גם עירוניים, ראו באו את עתידם:
"'החברה' הטובים הלכו לקיבוץ. ההליכה לקיבוץ הייתה כרוכה בחוויית הזדהות עם קבוצת נוער. חוויית היחד, הזהות הקולקטיבית, הרצון להיות שייך, היו חלק בלתי נפרד 
מאותה החלטה. העוצמה שבתחושת הבדילות הדורית נסכה בתחושת היחד כוח רגשי השמור בחברות אחרות למשפחה או לשבט: כאן החברה היו השבט, ומי שלא היה 'שייך' הרגיש זר, עקור, מנודה". (שפירא, עמ' 92).
 

רות

  רות ניסתה להתערות בארץ, אך הדבר לא היה קל, ועבור שניהם הייתה גינוסר הבטחה של התחלה חדשה. חודשים ספורים לאחר שנפרד מעדה, עברו השניים לחדר משפחה, שהיה חצי צריף עם פרימוס (דייר שלישי). 
בשנותיו הראשונות בקיבוץ נשאב לפעילות ביטחונית, ומיעט לשהות בביתו. לאחר שחברים מגינוסר נשפטו לשנות מאסר ארוכות בשל סכסוך אלים עם תושבי הכפר אבו-שושה, שב ב-1940 לפעילות בגינוסר, היה למוכתר ונשא בשלל תפקידים. יגאל ריכז את המאבק מול פיק"א בערמומיות וחוכמה, אך כאשר הוויכוח גלש לעימות עם אנשי היישוב השכן 'מגדל' - הוא ניווט לפשרה. הבורר בין אנשי גינוסר לאנשי 'מגדל' היה ברל כצנלסון שגילה עניין במנהיג הצעיר. כמה חודשים לאחר מכן קיבל הזמנה 'לירח העיון' שברל יזם ברחובות, שם זכה להעשרה הומניסטית. עם המרצים נמנו גרשם שולם, בן-ציון דינבורג (דינור), חיים הזז, זלמן רובשוב, וגם מנהיגים כבן-גוריון, גולדה, טבנקין וגולומב. 
חברי גינוסר שמרו בקנאות על עצמאותם ולא הצטרפו לזרם קיבוצי כלשהו, דבר שתאם את הקו של ברל שביקש לאחד את התנועות הקיבוציות. ברל בילה עימם את ליל הסדר, ודאג שיוענקו להם הלוואות שאיפשרו רכישת טרקטור וסידור מערכת השקיה. בסופו של דבר היה זה דווקא יגאל שכיוון את חבריו בינואר 1941 לחבירה ל'קיבוץ המאוחד'.
  בתחילת 1940 נולדה לרות ויגאל הבת נורית שסבלה מפיגור, וכנראה גם מאוטיזם: "הצל של נורית ליווה את יגאל בשעות ההצלחה המפוארות ביותר שלו, מירר את חייו ואת חיי רות, והסב לשניהם ייסורים קשים. בפומבי היה יגאל הצעיר המצליח, בעל החיוך הגלוי, טוב המזג והשלו. אבל דימוי זה הסתיר מאחוריו אומללות, כאב-לב ותחושה של אין-אונים מול מכת הגורל. לא היה שום קשר בין יגאל המפקד, המקרין את דמות הצבר הצעיר, היפה, המצליח, השובב – לבין אביה של נורית, המתלבט בין ייאוש לתקווה, בין דרכי טיפול ובין רופאים, ואינו מוצא מרפא". (שפירא, עמ' 125-124). באותם ימים גם הביא את אביו להתגורר ביישוב, והסב סירב להשלים עם מצבה ופסק כי הילדה בסדר, 'רק קצת שתקנית'.

היה פער מכאיב בין יופייה וההתפתחות הגופנית של נורית לבין ההתפתחות המנטלית. לימים כתב לרות " לעתים בשעת נסיעותיי הארוכות ברכבות אירופה הייתי רואה ברוב שיגיונותיי שהיא מקבלת את פני כילדה רגילה לכל דבר. כמובן שהדמיון בגד בי ולא כך מצאתיה. אך למה זה אעכיר את רוחך? סלחי נא". (שפירא, עמ' 282).

 

תחילתו של מסלול חיים בשירות הביטחון

הפלמ"ח

יצחק שדה - כולם היו בניו ובמיוחד משה ויגאל 

מרדכי בר-און, מחבר הביוגרפיה של משה דיין, כתב על פגישתם הראשונה של השניים בקורס הסרג'נטים: "בסרפנד נתקל דיין לראשונה ביגאל אלון, צעיר מהגליל שהחל אף הוא להתבלט בשורות ההגנה. לימים סיפר אלון לידידו ועוזרו ארנן עזריהו שעוד מהפגישה הראשונה הוא לא סבל את דיין: 'נהניתי בקורס כל יום, חוץ מדבר אחד: היה שם בחור אחד בלתי נסבל, שקלקל לי את כל הקורס. שמו משה דיין'. דיין ואלון אכן היו שני הפכים. אלון היה גבר נאה, חינני וחביב. הוא אהב אנשים ואנשים אהבו אותו, ולעולם היה מוקף ידידים ומעריצים. דיין לעומתו היה מסוגר, מנוכר, העדיף בדידות והתרחק מההמולה ומהחברותא. אלון לא פירט את פשר הרושם הרע שקיבל מדיין, אך אפשר בהחלט לשער שעוד בשלב מוקדם זה חש אלון מידה של ניכור, שפורש לעתים כזלזול, יוהרה והתנשאות מצדו של דיין. דרכם של השניים תשוב ותצטלב פעמים רבות בארבעים שנות חייהם הבוגרים. רוב הזמן היו בני פלוגתא ובני הדור ראו בהם צמד אנשים שמתחרים ביניהם על כתר המנהיגות". (בר-און, עמ' 40).
יורם קניוק סיפר אף הוא על התרשמותו של יוסי הראל מהשניים בהם למדו באותו קורס: "אלון נראה לו אז כמו פלאח או בדווי מן המדבר: שורשי, ארצי, בעל יכולת ניסוח בהירה. משה, שבא מנהלל, התגלה כפרופסור בסחיבת אבטיחים ובפיצוחם. משה ויגאל היו אנשי השדה המצטיינים בקורס. שני פלאחים אלה נראו כצומחים מן האדמה, להבדיל מיוסי ומחבריו מה'נודדת', שצמחו בסלעים ובהרים. בעיני יוסי יגאל היה רציני ואחראי ממשה, אם כי זיהה אצל משה כבר אז את אותו כוח מאחורי החיוך, מעין אגרוף עטוף במעשה קונדס, הייתה בו, כך ראה זאת יוסי, חשיבה מקורית, תעוזה וערמומיות, יחד עם אצילות פראית של נמר מן העמק. היה משהו סתום במשה ופתוח ביגאל". (קניוק, עמ' 81).
אניטה שפירא המפרטת את ההבדלים בין השניים, מוסיפה הסבר פסיכולוגי: "דיין בנה את סמכותו על אף אי התייחסותו לאנשים, ואילו יגאל בנה את סמכותו על מערכת של קשרי אהבה עם הסובבים אותו. הסיבות להבדל זה יכולות לנבוע מאופי, אך גם אפשר למצוא להן הסברים בנסיבות השונות של גידולם: דיין גדל אפוף באהבת אמו שטיפחה אותו כבן הבכור, והרעיפה עליו את כל תקוותיה. תחושת הנבחרות ליוותה אותו מיומו הראשון. הוא לא נזקק לחיזוקים מן הסביבה כדי להרגיש רצוי ואהוד. חבריו היו לו בבחינת לוואי לא הכרחי להערכתו העצמית. הביטחון העצמי שלו נבע מתוך עצמו והיה אוטונומי. יגאל לעומתו סבל מילדותו מחוסר אהבה: ראובן פייקוביץ לא היה מסוגל לתת אהבה במקום האם שמתה. בעיני הילד היה נראה שאביו מגלה כלפיו אהבה רק כאשר הוא מתנהג בהתאם לציפיות המחמירות שלו. ראובן כביכול מתנה את אהבתו ליגאל בעמידתו של זה במבחנים מתמידים. הצורך של יגאל לעורר אהבה, ותחושתו שאהבה היא משהו שאינו מוקנה לך בזכות היותך אתה, אלא עליך לזכות בה על-ידי עמידה בציפיות של החברה, היו שתי תכונות שבלטו בהתנהגותו. יגאל היה זקוק באופן מתמיד לחיזוקים מן הסביבה האנושית הקרובה לו. הוא הקרין אכפתיות כלפיה, והיא החזירה לו אהבה. זה היה מקור של כוח ושל חולשה". (שפירא, עמ'144).
שדה העריך את הערמומיות האיכרית של אלון, וכינה אותו "עקרוט" (ממזר ממולח בערבית). בתו של שדה, איזה, סיפרה בזיכרונותיה כי לקראת יום הולדתו ה-25 של אלון לקח אותה אביה לחפש מתנה עבור אלון. כששאלה מדוע קונים מתנה רק לאלון ולא לאחרים, ענה לה שיגאל אינו דומה לאף אחד אחר, ושהוא כמו אחיה.
המתנה שרכש לבן טיפוחיו הייתה "חמשת הכרכים של 'מלחמה ושלום'. כשהגיש לו את השי הפנה את תשומת ליבו לקוטוזוב, המצביא הרוסי שניצח את נפוליאון. במרוצת השנים חזר כמה פעמים ושיבח את קוטוזוב, המפקד המגושם בגופו, שהיה סבלני כגודלה של רוסיה וערום כאיכר, עד כי נדמה היה לשומעיו ששדה מבקש שיידמו אותו אליו". (דרור, עמ' 232). 
בדיין אהב שדה את היותו מבריק ומפתיע, וכן פרוע כמוהו בענייני נשים. 
 

צילם רוברט קאפה (תל אביב 100 האנציקלופדיה העירונית)

בעתיד כשיודח שדה מכל תפקידיו, ואלון ישהה בחו"ל לשם לימודיו, יזכור לו דיין חסד נעורים: הוא טיפל בו כשחלה, ודאג למשפחתו לאחר מותו. האהבה של דיין לא סנוורה את שדה: כשהקרע בין בן-גוריון למפ"ם, מפלגתו של שדה, הגיע לשיא, הזהיר מפני דיין ואמר כי אם מפ"ם תתפוס את השלטון יהיה צורך לאסור את דיין, כי הוא מסוגל בהוראת בן-גוריון לקחת כמה מושבניקים ולעצור בכוח את העלייה לשלטון. אורי אבנרי שמע מפי שדה שדיין הוא "'הרפתקן חסר מוסר וחסר מעצורים' המסוגל אפילו לשים אקדח על שולחנו של בן גוריון ולהגיד לו כי הוא אסור". (דרור, עמ' 452). את אמירותיו הקשות חלק עם רבים, וככל הנראה הגיעו גם לאוזניו של דיין, אך הוא המשיך לכבד את שדה ולדאוג לו ולמשפחתו.
כששדה נפטר, ועל הקבר פצחו בשיר הפלמ"ח: "'מסביב יהום הסער אך ראשנו לא יישח'. בן-גוריון נתכעס. בהרף עין הפך פניו מהקבר ופתח בצעידה, ואחריו כל אנשי הפמליה הממלכתית, ואחריהם – פמליית הרמטכ"ל. האחד מבין אלופי צה"ל שנשאר על עומדו היה משה דיין. וקול השירה גבר". (דרור, עמ' 497).\
בעלייה לחניתה צולם הצילום שהיה למיתוס שבו עומד יצחק שדה בין שני חניכיו. מאיר דוידזון, שהיה אף הוא באותו מעמד, אמר בדיעבד: "יש כאלה שעושים ויש כאלו שמצטלמים".
  דיין כתב הקדשה לשדה על התמונה הקנונית: "לזיכרון – כשהחיים היו חיים, והרובה היה רובה".

תורת הלחימה שהנחיל שדה לחניכיו

לימים יפגוש אלון בלונדון את ההיסטוריון והוגה הדעות הצבאי באזיל לידל-הארט, ולאחר שיחתם התמוגג ואמר כי "הוא זהה אתנו במחשבה הצבאית, כאילו התחנך באולפנה של יצחק שדה". (שפירא, עמ' 452). גם ללידל-הארט הייתה דעה טובה על אלון והוא ראה בו את מי שביצע בפועל בצורה הטובה ביותר את תורתו על פיה הקרב מוכרע במוחם של מפקדי האויב, ולא בגופם של החיילים.
 

באזיל לידל-הארט

מפקד הפלמ"ח

דוידקה נמרי מאס בתפקיד סגנו של שדה, והחליט להתמקד במפעל ההעפלה. אלון מילא את מקומו, לאחר ששדה העדיף את מועמדותו על זו של שמעון קוך אבידן מהקיבוץ הארצי (המקורבת לשומר הצעיר). 
הצד האירגוני של הפיקוד שעמם את שדה, ואלון, שהייתה לו יכולת מיוחדת 'לתרגם' אותו, החל לקבל יותר ויותר סמכויות. הוא התלווה לשדה אל כל הישיבות של הרמטכ"ל והרמ"א, וכולם קיבלו זאת כעובדה.
 

אלון לא צמח בתנועות הנוער הסוציאליסטיות כמו רוב רובם של פקודיו, ואניטה שפירא כתבה על מנהיגותו של מי שהגיע ממחוזות אחרים: "יגאל לא היה שייך לאותו עולם של הוויכוחים הנצחיים, המשפטים הספרותיים, והצוותא של קבוצות הנוער – כל אלה לא עניינו אותו. בחיי היומיום שקיבעו דפוסי הווי כמו המעגל, המדורה, הפינג'אן, הזמר והריקוד, לא היה ליגאל מה לתרום. הוא לא סיפר צ'יזבטים לא כתב סיפורים, לא ידע לשיר, וגם לא הרבה לרקוד, ואף על פי כן התקבלה המנהיגות שלו בפלמ"ח ללא ערעור. עם הזמן הוא היה לסמל של בן-הארץ, עם החן והחוצפה והתעוזה, עם הביטחון העצמי, ושאר סממני הדור. הוא היה לסמל הנערים הארצישראליים, האמיצים הפשוטים והטבעיים, המבינים את צורכי השעה – אל מול הפוליטיקאים הזקנים, שמדברים מלים גבוהות, שאבד עליהן הכלח". (שפירא, עמ' 236).
שדה הביא לפלמ"ח את הספר 'אנשי פנפילוב' של אלכסנדר בק, שהיה לקמע של הלוחמים. המודל הסובייטי נתן לגיטימציה לחריגה מהכללים של צבא סדיר בסגנון האנגלי, וקיבל ביטוי בהעדר מחיצות בין מפקד לחייל, ואף רשלנות בלבוש. 
בשלהי כהונתו של שדה - הפך אלון יותר ויותר דומיננטי כמפקד. צביקה דרור כתב בביוגרפיה על יצחק שדה כי המהפך המבני של הפלמ"ח ב-1945 הביא לשינוי והצערה, ושדה מצא את עצמו בפלמ"ח אחר: "לא רק פער הגיל, שהתרחב עכשיו. גם אורחותיו נתפסו על ידי הדור הצעיר כבלתי-הולמים, מה גם שלהם הייתה עתה דמות חיקוי משלהם, יגאל אלון. האווירה ששררה עתה באוהלי פלמ"ח נטתה לצדו של יגאל, הקיבוצניק, והיא דמתה לזו המתקיימת בקיבוצים ובתנועותיהם". (דרור, עמ' 279).
"'התרבות של דיזנגוף', הבוהמה, בתי הקפה, 'קלות דעתם' של אנשי במה וספרות, שיח 'בטלנים' 'הפקרות מינית' - היו אז מילות גנאי בעיני חניכי תנועה שפוריטניות והתנזרות היו חלק מהשקפת עולמה ומאורחותיה. נלחש ביניהם על אדם שיש לו 'ממזר', מבוגר המחזר אחרי נשים צעירות מה'סטודיה של צבי פרידלנדר' ושכמותן. לשתייה חריפה לא קראו 'התבשמות', אלא 'שכרות'. לא בכדי הוזכר ששלושה מתוך ארבעת המ"גדים היו חניכי 'המחנות העולים', תנועה שתפסה את החלוציות בקיצוניותה... אנשי התנועה התקשו לקלוט אדם שהוא בה-בעת 'דמות מחנכת' וגם מנהל אורח חיים בנוסח בוהמי. הפיקוד התרחק ממנו, שדה אף הורחק מפגישות עם הפלוגות. הדברים הגיעו עד לידי כך שיגאל התערב ומנע משדה להיפגש עם חבורת טירונים. כך מצא עצמו בשנתו האחרונה בפלמ"ח בבחינת 'דמות' ומפיק רעיונות, יותר מאשר מפקד בפועל המחזיק ומושך בכל החוטים". (דרור, עמ' 283-4). 
 

משק כנפי הפרפר

בינואר 1887 נולדו בבוברויסק שבבלארוס שני בני הדודים ברל כצנלסון ויצחק טבנקין, ושלושה חודשים לאחר מכן נולד בפלונסק דוד גרין, לימים בן-גוריון. למערכת היחסים הסבוכה בין השלושה – תהא, בסוג של אפקט הפרפר, השפעה מכרעת ואולי אף טראגית על גורלו של יגאל אלון - שנולד בגליל כשלושים שנים אחריהם.
השלושה היו למנהיגיה הנערצים של ה'עלייה השנייה' שהקימו ופילגו מפלגות. ננסה לערוך סדר במערכת הפוליטית הסבוכה:
מפלגת 'אחדות העבודה' הראשונה נוסדה ב-1919. (איחוד של 'פועלי ציון' עם 'הבלתי מפלגתיים').
מפלגת מפא"י נוסדה ב-1930 לאחר צירופה של תנועת 'הפועל הצעיר'. 
טבנקין ואנשיו יזמו ב-1944 פרישה ממפא"י והקימו את התנועה ל"אחדות העבודה" (ששמה כשם המפלגה שקדמה למפא"י). ברל כצנלסון ודוד בן גוריון נותרו במפא"י, וברל נפטר באותה שנה. בביוגרפיה של שרגא נצר, האיש החזק של מפא"י, נכתב: "'אחדות העבודה' נשארה כל השנים מפלגה אליטיסטית, קטנה, שבסיסה 'הקיבוץ המאוחד', בעוד מפא"י הפכה, עם הקמת המדינה ותקופת העליות ההמוניות, ובהנהגת בן-גוריון – למפלגת המונים המאגדת ומייצגת סקטורים שונים אשר העניקו לה כוח אלקטוראלי, אך גם טשטשו את זהותה האידיאולוגית, והעצימו את מנגנוניה". (בן עזר, עמ' 134-5). 
בינואר 1948 התאחדה התנועה ל"לאחדות העבודה" (השנייה) עם "השומר הצעיר" למרות הפערים האידיאולוגיים שביניהן (אפשר לומר שהמשותף ביניהם היה בעיקר 'רק לא בן גוריון'), והקימו את מפ"ם. בבחירות הראשונות זכתה מפא"י ל-46 מנדטים ומפ"ם ל-19. בן-גוריון הקים קואליציה עם המפלגה הדתית, ושילם בוויתורים רבים, ובלבד שמפ"ם תיוותר באופוזיציה.
ב-1954 פרשו טבנקין ואנשיו ממפ"ם והקימו בחזרה את התנועה 'לאחדות העבודה ופועלי ציון'. אנשי 'השומר הצעיר' נשארו במפ"ם.
בשנות השישים המאוחרות, לאחר הקרע בין בן-גוריון וראשי מפא"י והקמת רפ"י, החלה התקרבות בין 'אחדות העבודה' ל'מפא"י', ובתחילה נוצר איחוד זוגי בין מפא"י לאחדות העבודה למרות התנגדותו של טבנקין. לאחר מכן התקיים איחוד משולש בתוספת רפ"י (בלי בן-גוריון), ולאחר מכן איחוד מרובע בתוספת מפ"ם, שיצרו את "המערך' ו'מפלגת העבודה'. 
השסעים בתנועת הפועלים הביאו לתופעות קשות של פיצולי קיבוצים וקרע במשפחות. הפער האידאולוגי היה מסובך, ולא תמיד נהיר גם לצדדים המעורבים עצמם. הגדרת ה'שמאל' של אותם ימים אינה תואמת את מה שמקובל כיום: טבנקין ואנשיו הוגדרו כ'שמאלנים', אך היו בעד התפשטות טריטוריאלית והתנגדו לתוכנית החלוקה כי משמעה ויתור על חלקי ארץ ישראל. הגדרתם כ'שמאל' נבעה מההערצה לברית המועצות שהונהגה על ידי סטאלין שפשעיו עדיין לא היו ידועים, או לפחות לא בהיקף שנודעו מאוחר יותר. ההערצה נבנתה על גבורתה של ברית המועצות במלחמה נגד הנאצים, על תמיכתה בהקמת המדינה בעצרת האו"ם, ובמשלוחי נשק במהלך מלחמת השחרור. מפ"ם דרשה מבן גוריון לשמור על 'ניטרליות' שהייתה מלת צופן ל'פרו סובייטיות'.
דוד בן גוריון נטה לצידה של המעצמה השנייה - ארצות הברית, כי האמין כי כך ייטב למדינת ישראל, וסמך על יהדות ארצות הברית שתסייע כלכלית ופוליטית. 
על מהות הקשר בין שני הניצים - בן-גוריון וטבנקין אפשר ללמוד ממכתב שכתב בן-גוריון לרעו/אויבו בעיצומם של העימותים הקשים:
"יצחק,
המרחקים, ההתנכרות, הזרות, חוסר המגע בין האנשים הקרובים אולי ביותר – ואולי האנשים הקרובים האחרונים שנשארו מהדור ההוא, וכשהם כבר מתכוננים או מזומנים ללכת לקראת חבריהם שהלכו בלי שוב – זהו גורל מר, משונה, ועוד בימים אלה, בשנה זו...
זה שנה תמימה (ואיזו שנה) לא ראיתיו, לא שמעתיו, לא ראני ושמעני, והנה אנו חיים – במרחקים המלאכותיים והמרים שהקימונו סביב עצמנו – בתחושה אחת והכרה אחת: ולא ידעתי מה יותר תמוה ומה יותר אמיתי – אם הזרות או הזהות?
חזק ואמץ
ברצון אחיך־חברך 
ד.ב.ג.". (שפירא, עמ' 412).

היחס האוהב לטבנקין לא חל על אנשיו, ויחסו של בן-גוריון לפלמ"ח היה ידוע. "בעיני חברי הפלמ"ח מצבם נגרם עקב המחלוקת בין 'הזקן' שלהם, שדה, לבין 'הזקן' האחר בן-גוריון. וכמעט כל איש פלמ"ח ישטום 'באופן אישי' את בן-גוריון - המבקש לחסל את החטיבה". (דרור, עמ' 228). 
בן-גוריון קבע בקונגרס הציוני הכ"ב שהתקיים בבאזל בסוף 1946, שיש להקים תיק ביטחון, נטל אותו לעצמו, והחל להתכונן למלחמה על עצמאות המדינה. הוא הבין שצריך צבא סדיר שיוכל להתמודד מול המתקפה הצפויה של ארצות ערב, וסמך רק על בוגרי הצבא הבריטי. ברובם היו בלתי מפלגתיים או מזוהים פוליטית עם מפא"י, להבדיל מחברי הפלמ"ח שהיו מזוהים עם מתנגדיו הפוליטיים מבית. הוא ניסה לחזור ולגייס במלואן את יחידות הבריגדה על מסגרותיהן ופיקודן, אך התברר שזה בלתי אפשרי. לפיכך ניסה להחליף את מטה ההגנה במטה חדש שיורכב על טוהרת הצבא הבריטי, תוך החלפת המפקדים של הפלמ"ח, אך מלחמת העצמאות פרצה לפני שהספיק להגשים את תוכניתו.
העדפת הגיוס לבריגדה, בשלהי מלחמת העולם השנייה, כמעט חיסלה את הפלמ"ח. הצעירים נטולי המדים חשו שאין מבדילים בינם לבין המשתמטים, והעיסוק בחקלאות בקיבוצים ובאימונים עם נשק דל, נראו להם חסרי עניין מול חבריהם שנלחמו באויב הנאצי במסגרתו של צבא סדיר. 
שדה היה מודע לנהירה מהפלמ"ח לצבא הבריטי, וניסה לדבר על ליבם. הוא אסף אותם על יד מעין עין חרוד, איש איש ונשקו האישי, ואמר להם: "את הרובה הרוסי נושא החייל הרוסי. את הרובה האנגלי נושא החייל האנגלי. חברים, מי יישא את הרובה העברי?'". (דרור, עמ' 229).
כשפרצה מלחמת השחרור, התברר שהגיוס וההתארגנות ימשכו זמן, וכי רק הפלמ"ח ערוך כגוף שמסוגל להעניק מענה מידי ויעיל בהיותו מאורגן, מאומן, בעל תורת מלחמה דינאמית המעוגנת בנוף הארץ, ואנשיו מלאי רוח קרב. שדה אמר: "'מה היה עולה לו ליישוב בימים אלה אילו הצליחו חסידי הגיוס הבלבדי לצבא הבריטי לממש את כוונתם. או-אז גם מעט הפלמ"ח המצוי עכשיו בקו הראשון לא היה קיים. צבא המעטים מחפה עתה בתנאי קרב על הגיוס והכשרת הלוחמים'. עגום וכואב היה בהרגשתו עד כמה צדק". (דרור, עמ' 340).   
בן-גוריון חיסל את הפלמ"ח בשלבים, תוך כדי המלחמה, אך אלון סולק מהצבא רק בתום המלחמה באכזריות, לאחר שגבר על האויב בקרבות שניהל. 
ועל כך כתב חיים חפר:
" וּמְסַיֶיּמֶת הַסָּבְתָא לַנֶּכֶד
וְיוֹשֶׁבֶת כְּפוּפָה לְמוּלוֹ:
כֵּן, הַכּוּשִׁי יָכוֹל כְּבָר לָלֶכֶת,
כִּי הַכּוּשִׁי עָשָׂה אֶת שֶׁלּוֹ".
  וכך, בחזרה מעגלית לאפקט הפרפר, שילם אלון הצעיר את מחיר האהבה בין טבנקין, ברל כצנלסון ובן-גוריון שהייתה ליריבות מרה ונקמנית. 

 

מלחמת העצמאות
'המלחמה הקטנה': מהחלטת האו"ם ב-29.11.47 ועד להכרזת המדינה ב-14.5.48, מבצע 'יפתח'

הקרבות החלו סמוך להכרזת האו"ם על הקמת המדינה ב-30 בנובמבר 1947. ההתקפות נערכו על ידי כוחות מקומיים שאליהם הצטרפו מתנדבים מ'האחים המוסלמים' ומ'צבא ההצלה' של קאוקג'י - צבא סדיר למחצה שאורגן על ידי הליגה הערבית. אלון, כמפקד הפלמ"ח, עסק בעיקר בנושאי ניהול וגיוס, וביקש להשתתף בקרבות עצמם.
ב-25.4.48 שלח אלון מברק ממטה הפלמ"ח אל רבין ששירת בחטיבת הראל, והודיע לו שהוא יפקד על מבצע בשם 'יפתח' בגליל. השם 'יפתח' נקבע על ידי יגאל ידין כראשי התיבות של 'יגאל פייקוביץ תל חי', ואילו פיקודיו אמרו כי אלו ראשי התיבות של המילים 'יגאל פייקוביץ תן חופש'. רבין, טבנקין, בני מהרשק ועמוס חורב ענו לו במברק נגדי מודאג: אנשי הפלמ"ח היו מודעים לניסיונותיו של בן-גוריון לפגוע בארגון, וחששו כי עזיבתו את מרכז העניינים היא סוג של הדחה. אלון הרגיע אותם ואמר כי מאס בישיבה במטה הארצי, וכי השתוקק לצאת לחזית. 
הבריטים מסרו לערבים עמדות אסטרטגיות כמשטרת נבי יושע, הר כנען ועמדות חשובות בתוך העיר צפת. סכנת הפלישה הייתה קרובה, ואלון סייר באזור הצפון במטוס קל כי הכבישים היו חסומים. הוא הגיע למסקנה כי הגליל ייכבש אם טקטיקת ההגנה לא תשונה באופן רדיקלי. לאחר שקיבל את הפיקוד על המבצע, הוא כינס את נציגי המושבים, הקיבוצים והמושבות הוותיקות. כל ותיקי הדור ורכזי הביטחון של היישובים בצפון הגיעו לפגישה עם הבן של פייקוביץ ממסחה. אלון ניתח את הסיכונים והסיכויים בלי להפריז בחומרת המצב, אך גם בלי להסתיר את הסכנות. כולם ביקשו תוספת של אנשים ונשק, אך הוא הבהיר להם שלא רק שאינו מסוגל לספק את דרישותיהם אלא נהפוך הוא: הוא זקוק לעזרתם. כדי ליטול את היוזמה ולעבור ממגננה למתקפה - הוא זקוק לכל טיפה של כוח שאפשר לרכז לכדי אגרוף. פיצול הכוח יביא לנפילתם של הישובים בזה אחר זה, אך ריכוזו יביא למהפך ביחסי הכוחות. אנשי היישובים, בניגוד לכל מה שאפשר היה לצפות, סייעו באנשים, ונתנו מהנשק שבסליקים אותו קנו במיטב כספם. 
חוכמת האיכר והערמומית של אלון נחשפו בקרב על הגליל: הוא הורה להעמיד מחסום על כביש יוקנעם, ולהחרים משאיות על נהגיהן שהצטרפו לגדוד שעלה בגלוי, לאור היום, על נשקו – בשיירה ארוכה שהתפרסה על פני קילומטרים. זה היה חלק מהלוחמה הפסיכולוגית שהפעיל על ערביי הגליל. הוא השתמש בהיכרות עם האויב וחולשותיו, וניצל את קשריו עם מוכתרי הסביבה כדי להפיץ שמועות על כוחות עצומים שיגיעו לכבוש את החולה, והדבר אכן גרר פינוי המוני. הוא שכנע את ראשי שבט ערב-אל-הב להצטרף ללחימה, כי ראה חשיבות בהצגת ערבים המושרשים בארץ, הנלחמים לצד היהודים. הבדווים סייעו רבות באספקת מזון, הבאת בהמות שלל והטרדת האויב. לאחר המלחמה הם גורשו, אך אלון דאג שיורשו לחזור. 
 

יגאל והשייח של ערב-אל-האב

אלון העריך שערביי צפת הם הגורם הערבי החזק ביותר בגליל העליון, ועל כן כיבושה של צפת יקל על כיבוש אצבע הגליל וסביבותיה. בעודו נערך למתקפה על צפת, קיבל שדרים ש'רמות נפתלי', שהותקפה על ידי צבא ההצלה - עומדת להיכנע. לאחר מעשה סיפר כי רצה להימנע 'מלרקוד על פי חלילו של האויב', ועל כן איים בנוסח 'אנשי פנפילוב' שבקצה השביל היורד מהיישוב, שעליו היו אמורים המתפנים לצעוד, תמתין להם חוליה עם מקלע, וכל מי שירד יירה ללא אומר ודברים. (הערה מספר 1). בדיעבד המפקד אמר כי השדרים היו פרי יוזמתה של המרכזנית שחששה מהגרוע מכול. אלון שלח רק מטוס פרימוס שהטיל על האויב פצצות תוצרת בית שעשו רושם רב, והיישוב ניצל.
בעת כיבוש כפרי הסביבה, פוצצו הלוחמים את בתיהם כדי לשבור את רוחם של תושבי צפת שצפו בכך. המבצע לכיבוש צפת החל ב-6 למאי, וההתקפה הראשונה נכשלה. אלון התאושש מהכישלון, ויזם תחבולות הטעיה כדי שהאויב יאמין שכוחותיו יגיעו ממקום שונה מהמקום לו ציפו, ובזכות היוזמה ההתקפית נכבשה צפת יום לפני המתקפה המתוכננת על הרובע היהודי. ההפגזות ונפילת מוקדי השליטה בעיר גרמו לבהלה עצומה ברובע הערבי, והחלה מנוסה המונית דרך ואדי עמוד לכיוון מירון. אלון דאג תמיד להשאיר דרך פתוחה לבריחת הערבים. כשאנשי הפלמ"ח נכנסו למחרת לרובע - הם מצאו עיר רפאים. הבורחים פגשו בדרכם את המופתי ואנשי הממשלה הזמנית שלו בספסופה, בעת שהיו בדרכם לצפת כדי למקם בה את המפקדה שלהם. 
לאלון היה קשר חם עם יהודי צפת החרדים, אשר חלקו עם הלוחמים את מזונם הדל, ועזרו בבניית הביצורים אפילו בשבת (בהיתר הרבנים). לאחר כישלון ההתקפה הראשונה הגיעו אלון ואנשיו לצפת בשעות הבוקר המוקדמות, ופגשו יהודים שיצאו מתפילת שחרית בבית הכנסת. הם נעמדו והתפללו לשלומם, ו"הייתה להם הרגשה שהנה הילדים באים – די קינדער קומען". התושבים קיבלו בלי מחאה את סירובו לפנות נשים וילדים, כי היה זה פינוי מסוכן שירתק לוחמים. לאחר הניצחון אמרו ש"שצפת ניצלה בזכות המעשה ובזכות הנס. המעשה היה שבחורי הישיבה אמרו תהילים כל הלילה. הנס היה שהגיע הפלמ"ח". 
"זקני היהודים נזכרו כי האלוף הצעיר יגאל הנו נכדו של רבי אלתר שווארץ הצפתי, חלוץ החלוצים שנטש את ביתו והלך לג'עונה, כדי להפכה ביחד עם חבריו, לגיא-אוני. זכתה אפוא עיר האר"י הקדוש להיגאל על ידי יגאל, שר צבא שדם צפתי זרם בעורקיו". (בית אבי, עמ' 206: ציטוט מספרו של ד"ר יעקב הרוזן. 'חזון ההתנחלות בגליל' עמוד 364).
ההתקפה הראשונה על מלכיה נכשלה, והיה צורך להמשיך ולנסות לכבוש אותה כי מיקומה אפשר ל'צבא ההצלה' להניע כוחות ואספקה מלבנון אל לב הארץ. אלון אמר כי כוחותיו חלשים מכדי להניח את היוזמה לערבים.
"ב-29 במאי תקף הגדוד הראשון פעם נוספת את מלכיה, הפעם בסיוע טור משוריין מאולתר, שנכנס ללבנון ממנרה והפתיע את הכוחות שבמלכיה מצפון. בזכות טכסיסי ההטעיה כינה אלון את קרב מלכיה בגאווה נערית כ'קרב מפולפל'. בכך הגיע מבצע 'יפתח' לסיומו. 
לאחר כיבוש צפת, הר מירון, מנרה ומלכיה הובטחה הרציפות הטריטוריאלית מטבריה ועד מטולה. הלוחמים המשיכו להיערך לפלישה הצפויה ופוצצו גשרים כדי להקשות על האויב. הגליל העליון, אשר לפני המבצע "משול היה באותה שעה למי שעניבה חנק נתהדקה על צווארו והוא ממתין כפות ידיים ורגלים למשיכה האחרונה', נעשה בשלב זה לחבל ארץ ריק כמעט מערבים, ללא כל הפרעה לתנועה בתוכו, ממנו ואליו, אך עדיין מאוים על ידי אפשרות של פלישת צבא סורי או לבנוני". (קדיש, עמ' 137 – מאמרו של דני הדרי: מלחמת העצמאות בצפון). (עוד על מצביאותו של אלון בהרצאתו של פרופ' אלון קדיש. מ. מקום 6).
"בתוך כל התבערה הזאת, כשחזית ועורף מתערבבים זה בזה, התנהג אלון בקור-רוח מרשים. משפחתו המשיכה בחייה בגינוסר. פלוגותיו המשיכו לפשוט מעבר לגבול סוריה וגבול לבנון ובתעתוע באויב. הרעיון היה לשמור על היוזמה ולערער את ביטחונו של האויב ואת תוכניות הפעולה שלו". (שפירא, עמ' 329).
 

הבריטים פינו את הארץ ובן-גוריון הכריז על הקמת המדינה

חודש הקרבות שהחל לאחר ההכרזה על הקמת המדינה ב-14 למאי 1948 והפלישה שבעקבותיה, והסתיים בהפוגה הראשונה ב-11.6.48 - נחשב לחלק הקשה ביותר של מלחמת העצמאות. המדינה הצעירה נאלצה להילחם בצבאות סדירים, והמאיים שבהם היה הצבא הירדני.
"בן גוריון ראה בלגיון הערבי את הכוח המסוכן ביותר בין צבאות ערב. היה זה הצבא המאומן ביותר והמצויד ביותר, וגרוע מכול, הוא היה נתון לשליטה בריטית. בן גוריון הגדיר את הלגיון כ'צבא השכירים של בווין', וגרס שהבריטים, שנאלצו לפנות את ארץ ישראל, עושים בו שימוש על מנת לחזור אליה בדלת האחורית. על כן ראה כורח עליון בסילוק סכנת הלגיון והאיום שהציב על ירושלים". (קדיש, עמ' 311. מאמרו של דוד טל: הקרב על ירושלים: המלחמה הישראלית – ירדנית, 1948).
הדעה הרווחת הייתה כי הנסיגה של הבריטים מארץ ישראל היא זמנית וטקטית. הלגיון הירדני היה בפועל תחת פיקוד בריטי, ושרתו בו חייליו של המלך עבדאללה שהיו לו שאיפות ברורות לשליטה על כל חלקי ארץ ישראל, או לפחות אותם חלקים שיועדו לערבים על פי תוכנית החלוקה. 
ההתעמתות עם ניצולי השואה שניסו להגיע לארץ ישראל כמעפילים שזכתה להד תקשורתי עולמי - הביכה את הבריטים. הם ניצבו בין הפטיש לסדן, דעת הקהל העולמית שתמכה בניצולי השואה, ומדינות ערב לחצו עליהם לעצור את העלייה. על פי תיאוריה זו הבריטים האמינו כי הלגיון יגבר ללא בעיות על היהודים, ועדיף שגירוש היהודים, ואולי אף הטבח שייעשה ביישוב, שנים ספורות לאחר שואת יהודי אירופה – לא יקרו במשמרת שלהם. ואז, כ'שהבעיה תיפתר' - הם ישובו על כנפי הלגיון. 
על פי סברה אחרת, הבריטים עזבו לתמיד כי האימפריה נחלשה, ואובדנה של הודו גרמה לכך שארץ ישראל, ששכנה על ציר התנועה להודו, איבדה מהאטרקטיביות שלה. מי שכן האמין כי הבריטים רוצים לחזור ולשלוט בארץ ישראל באמצעות הלגיון הירדני - היה החבר סטלין. גם הוא האמין שהשאיפות האימפריאליות של הבריטים לא שככו, והתוצאה הייתה משלוחי נשק ליישוב היהודי שעל פי כל העדויות הצילו אותו. במהלך מלחמת השחרור נרכשו מצ'כוסלובקיה, באישורו של סטלין, עשרות מטוסים, כ-50,000 רובים, כ-6,000 מקלעים וכ-90 מיליון כדורים. הבריטים, בנגוד למצופה שמרו על האמברגו עליו הוחלט באו"ם, ובכך פגעו בכשירותו של הלגיון. הגורם לכך שהבריטים כיבדו את האמברגו היה הלחץ המסיבי של הלובי היהודי על הנשיא טרומן שעמד בפני מערכת בחירות קריטית. בריטניה המרוששת לאחר מלחמת העולם השנייה, הייתה תלויה בארצות הברית, והלגיון שהסתמך על האספקה הבריטית, נותר ללא תחמושת לאחר שהפציצו ללא הרף את שכונות היהודים בירושלים. 

"ב-1968 התקיימה פגישה ששודרה בקול ישראל בשם 'הצדעה לנורה' במלאת 20 שנה להפלגתה ההיסטורית של ספינת הנשק. בסיום הפגישה הרעים בן-גוריון בקולו: 'הנשק הצ'כי הציל את מדינת ישראל, ממש, בהחלט ובלי הנשק הזה לא היינו נשארים בחיים'". (מ. מקום 7). (מאמרו של צבי בן צור על עסקאות הנשק עם צ'כוסלובקיה. מ. מקום 8).

אלון נקרא לנטוש את הגליל ולסייע בקרב על ירושלים. לסאגת הקרבות לכיבוש לטרון, שנותרה בסוף מלחמת השחרור בידי הירדנים, מתנקז הוויכוח בין אסכולת הצבא הסדיר של בן-גוריון לבין אסכולת 'הפרטיזנים' של הפלמ"ח. בן גוריון, הורה לפעול לכיבוש לטרון וסביבותיה בניגוד ל'תוכנית רמאללה' של יצחק שדה, שעל פיה לא היה צורך כלל לפעול נגד המאחז הירדני בלטרון. הסתערות על יעד מבוצר במרומי הר - לא תאמה את דרך הלחימה של הפלמ"ח, ומעוררת עד היום ויכוחים סוערים בין ההיסטוריונים.
גם אלון, כקודמיו, כשל בהסתערות על ההר, ובשל ההפוגה המתקרבת החליטו לרכז את הכוחות למאמץ לשיפור דרך בורמה. רבין נשלח כדי לבשר לבן-גוריון שהניסיון לכבוש את לטרון כשל, והוא התמלא זעם ואמר שיש לירות ביגאל. כלפי המפקדים האחרים שכשלו בכיבוש לטרון לא גילה זעם דומה. 
תוך כדי הקרבות פורסמה על ידי הממשלה הזמנית ב-26 למאי 1948, בראשות דוד בן-גוריון ד'פקודת צבא ההגנה לישראל'. 
 

ההפוגה הראשונה מ - 11.6.48 עד 9.7.1948

משה כרמל הגדיר את ההפוגה שנכנסה לתוקפה ב-11 ליוני 1948 כ'טל משמיים'. ההפוגה נכנסה לתוקף לאחר חודשים ארוכים של לחימה ללא חופשות, מאות הרוגים, פצועים והלומי קרב. הלוחמים שיצאו לחופשות גילו שבעוד הם וחבריהם הקיזו את דמם - היו רבים בעורף שהמשיכו את חייהם כרגיל, ואף 'עשו לביתם', וכל מה שנדחק בימי הלחימה יצא החוצה. 
בחודש של ההפוגה הראשונה החלו חבלי הלידה של המדינה הצעירה, וקשיי ההסתגלות של ארגונים מימי ה'יישוב' למסגרת החדשה. בן-גוריון שעמד בראש המדינה, לא בזבז זמן, ובשם 'הממלכתיות' הקדושה, פעל בנמרצות להכנעתם של כל אלו שלא קיבלו מרות - הן מהשמאל והן מהימין.
אניטה שפירא כתבה כי בפרשה הטראומטית של ספינת הנשק 'אלטלנה' - בן-גוריון הוא מי שקיבל את ההחלטות, ושחלקם של אלון ורבין בפרשה היה שולי. לאחר מלחמת ששת הימים חלה התקרבות בין מנחם בגין לבן-גוריון, וכשהמיתוס שלו כ'אבי האומה' התבסס, היה נוח יותר להסיט את האחריות והזעם ממנו אל עבר אלון ורבין.
בן-גוריון התעמת בימי ההפוגה גם עם הצד השמאלי של המפה, דהיינו, עם הפלמ"ח בו ראה צבא פרטי של ה'תנועה לאחדות העבודה'. הוא טען בנאומו במועצת מפא"י: "נעשה ניסיון לעשות את הפלמ"ח מונופולין של מפלגה אחת, מין חטיבה צבאית של המפלגה". (שפירא, עמ' 359). הוא חלק שבחים לרוח הפלמ"ח, אך טען שהרוח הזו צריכה להיות נחלת כל הצבא.
שעות מספר לפני כניסת ההפוגה לתוקפה - ארעה טרגדיה כשמיקי סטון, הקולונל מרכוס, נורה בשוגג על ידי שומר מבוהל שלא ידע אנגלית. בן-גוריון שלח את שלמה שמיר לארצות הברית עם רשימה של קצינים בדרגות גבוהות ממוצא יהודי, שהתבקשו לסייע בהפיכת הצבא הישראלי ממיליציה לצבא מודרני. הצבא הבריטי, אותו העריץ, לא איפשר ללוחמי הבריגדה להתקדם לדרגות צבאיות גבוהות יותר ממייג'ור. למרבה הצער כל הקצינים, שעייפו ממלחמת העולם השנייה השיבו את פניו ריקם. היחיד שנענה לקריאה היה מרכוס שקיבל חינוך יהודי בנוסף לחינוך הכללי. המראות הקשים שראה כשהגיע עם הכוחות האמריקניים למחנות הריכוז באירופה השפיעו עליו, והוא חש שזו חובתו לסייע למי שביקשו לבנות מקלט לניצולי השואה. הוא כתב מדריכים כתובים שתורגמו לעברית, סייר בבסיסים וכתב דו"ח מפורט עם המלצות. בן-גוריון העריך מאוד את הידע המקצועי של הקולונל, אשר בניגוד למצופה אהב והעריך את דרך הלחימה של 'הפרטיזנים' של הפלמ"ח ותכסיסיהם.
 

הקולונל דוד מרכוס. צילם רוברט קאפה

קרבות 'עשרת הימים' (בין ה-9 ל-18 ביולי 1948) – 'מבצע דני'

שובו של משה דיין

מאז אותה תמונה משותפת בחניתה, הפער בין אלון לדיין גדל, ואלון היה למצביא ששמו נישא בפי כול. בעת קרבות לוד, פרץ דיין לעיר בראש שיירה שלוחמיה יורים לכל עבר בסגנון המערב הפרוע. העיר אומנם לא נכבשה בזכות המהלך הנועז שהימם בתחילה את האויב, אך הוא סימן את ראשיתה של 'אגדת דיין'. 
 

בעיית הפליטים, ותחילת הקרע במפ"ם בין 'אחדות העבודה' ל'השומר הצעיר'

אין ספק כי בכיבוש רמלה לוד בוצע גירוש מכוון של התושבים, ככל הנראה בהסכמתו השקטה של בן-גוריון. לימים הבהיר אלון, שלא רק שאינו מתחרט על הגירוש, אלא מצר על כך שההזדמנות לכבוש את הארץ עד הירדן הוחמצה: "אילו קרה שעל ידי השלמת שחרור הארץ בגבולות עבר הירדן המערבי, הייתה מתפנה אוכלוסייה ערבית נוספת ועוברת לארצות ערב השכנות, לא היה בכך משום עוול היסטורי: הייתה בכך שאנסה היסטורית" (שפירא, עמ' 375). 
 

תקופת ההפוגה השנייה מ - 19.7.48 עד 15.10.48 

מבצע יואב, אוקטובר 1948

השלמת פירוק הפלמ"ח

בן-גוריון הסביר בכנס מפקדים שבעקבות קרבות 'עשרת הימים' השתנתה מטרת המלחמה: "'מלחמתנו בראשית הייתה התגוננות בפני ניסיון של השמדתנו. ביסודה נשארה כזו - אולם מההפוגה הראשונה יש בפעולתנו הצבאית מעין אקט פוליטי'. כלומר, אין נלחמים עוד על עצם קיום המדינה, אלא על תנאי קיומה, ויש לפעול בהקשר המדיני הנתון". (קדיש, עמ' 54. מאמרו של אלחנן אורן: מלחמת העצמאות – מטרות, שלבים, מערכות ותוצאות). 
נכונותו של בן-גוריון להתקדם בשלבי חיסול הפלמ"ח התחזקה ככול שהאיום הקיומי הלך ונמוג. הוא רשם ביומנו כי בביקורו בבאר שבע, שבוע לאחר שנכבשה, פגש שם את כל מנהיגי מפ"ם. אלון ניסה לשכנעו להפוך את הפלמ"ח לדיביזיה, וכשם שלדיביזיה יש מטה משלה, כך גם לפלמ"ח צריך להיות ייחוד מקצועי. ביקש שהפלמ"ח יהפוך להיות היחידה המובחרת של צהל, ייעוד שהוטל בסופו של דבר על חטיבת הצנחנים.
רבים ניסו להניא את בן-גוריון מלפרק את הפלמ"ח בעיצומם של הקרבות נגד הצבא המצרי הגדול. פנחס רוזן, שר המשפטים, אמר בעוקצנות הייקית שלו 'שהפלמ"ח אומנם מסוכן - אבל המצרים יותר'.
בן-גוריון התעלם מכל הבקשות, וערב מבצע יואב החריף את האמצעים לפירוקו של הפלמ"ח בסיועו של הרמטכ"ל יעקב דורי שחזר לתפקוד לאחר מחלתו. חיים חפר, משורר הפלמ"ח, כתב לצ'יזבטרון (הלהקה של הפלמ"ח) את השיר הלעגני "הגנרל המקסיקני קסטנייטס" וכולם ידעו כי כוון לדורי, דבר שלא הוסיף לחיבתו לפלמ"ח. 
ב-7.10.48, חצי שנה לאחר ששלח מברק ברכה במלאת שבע שנים לפלמ"ח, פקד דורי על העברת שלושת הפונקציות שעדיין נותרו למטה הפלמ"ח, חיול וקליטה, תרבות והדרכה לידי האגפים במטכ"ל ובחזיתות. ב-14 וב-15 לאוקטובר 1948 התקיים דיון בוועד הפועל של ההסתדרות שבו השתתפו מפקדי הצבא, אנשי מפא"י ומפ"ם שדנו על פירוקה של יחידה צבאית. היו אלו ימי דמדומים בהם עדיין לא ראו טעם לפגם בדיון פוליטי מפלגתי על נושא צבאי טהור באכסניה של איגוד מקצועי. מטה הפלמ"ח פורק סופית ב-8.11.48.
חיסולו של הפלמ"ח חיזק את המגמה של אלון לאסוף סביבו במטה חזית הדרום מעין מטה פלמ"ח אלטרנטיבי ששימר את החבורה. 
 

יגאל אלון ויצחק רבין

מבצע חורב מ-22.12.48 עד ל-7.1.49

ההפוגה המתמשכת היוותה סכנה למדינה, כי הצבאות הפולשים בארץ כפו עליה כוננות מתמדת. בן גוריון אמר על ההפוגה המתמשכת: "'אחד האמצעים לשבירת רצוננו', ואף כמזימת בריטניה להחליש את הערבים ולשעבדם, יחד עם היהודים, לצרכיה'. שרת אמר לברנדוט, שההפוגה מהווה 'מלחמת התשה', וטען שהיא מציגה את ישראל במצב קשה 'לבלתי נשוא'". (קדיש, עמ' 55. מאמרו של אלחנן אורן: מלחמת העצמאות – מטרות, שלבים, מערכות ותוצאות).
מאז מבצע 'יואב' רצתה ישראל לקצר את המלחמה, לאור המעמסה הכלכלית הכבדה, שנבעה מגיוסם של כ-100,000 איש. "בדיון בממשלה על אישור מבצע 'חורב' גרס בן גוריון, שיידרשו עוד שתי 'פעולות', בנגב ובשרון, והסביר את הצורך בסיום המלחמה: 'עלינו לעשות כל המאמצים לשלום ולכל הפחות - להפסקת המלחמה. ציבורנו שיכור ניצחון - מתוך אי יריעה, כמו שלפני שנה היה מפחד מצבאות ערב מתוך אי-ידיעה. הגענו עכשיו לשיא המאמץ שלנו. לא נוכל לגייס הרכה יותר ממאה אלף. ביטחון - רק על ידי עלייה והתיישבות רבתי - נוסף על הצטיירות משוכללת. אלה מחייבות הפסקת המלחמה". (קדיש, עמ' 63. מאמרו של אלחנן אורן: מלחמת העצמאות – מטרות, שלבים, מערכות ותוצאות).
 

יגאל אלון ויצחק רבין

המצרים סרבו לחדש את המשא ומתן לאחר 'מבצע יואב', ודרשו כתנאי מוקדם נסיגה לשטחים שנכבשו במהלך המבצע. סירוב זה שימש תואנה להתחלת מבצע חדש שנועד להסיגם סופית אל מעבר לגבול. מאז ההבקעה לנגב חששה הממשלה מפני התערבות בריטית ישירה, ובן גוריון הזהיר: "אין לנו כל עניין לתה למיסטר בווין הכשר או אמתלה להתערב במלחמה זו בכוחות צבאיים בריטיים. די לנו בהתערבותו המוסווית, ואין צורך בהתערבותו הגלויה'". (קדיש, עמ' 60. מאמרו של אלחנן אורן: מלחמת העצמאות – מטרות, שלבים, מערכות ותוצאות).
למבצע ניתן השם 'עין', שמקורו באות הראשונה של היעדים העיקריים: עזה עוג'ה, עסלוג', אבו עגילה ואל עריש, אך שונה ל'חורב' על שם אחד משמותיו של הר סיני, והוא התחולל בין 22 בדצמבר 1948 ל 7 בינואר 1949.
מטרתו המוצהרת של 'מבצע חורב' הייתה מיגור הכוח המצרי הפולש, וגירושו מגבולות הארץ. בלהט הלחימה חצו הכוחות את הגבול ונכנסו לעומק סיני כדי לנתק את צירי הגישה של הכוח המצרי. 
 


הכניסה לשטח מצרים ותפיסת שני שדות תעופה גררה מסע לחצים בין-לאומי: מועצת הביטחון הורתה על הפסקת אש, והבריטים הזהירו שהם יגיבו באופן חד צדדי, כמתחייב מהחוזה הבריטי-מצרי מ-1936, דבר שלא שימח את המצרים. למחרת תבע נשיא ארצות הברית לסגת באופן מידי מסיני, וכדי לתת לדרישה תוקף נסע השגריר במיוחד למלון 'גלי כנרת' שם בילה בן-גוריון את חופשתו כדי להעביר את המסר. ההוראה לסגת הועברה לכוחות ואלון ראה בכך עוד ראיה לתבוסתנותו של הדרג המדיני. 
דווקא ברגע שהמשבר האנגלו-ישראלי נראה כעומד להתפוגג, הוא שב והחריף כאשר ב-7 בינואר הפילו מטוסי קרב של חיל האוויר הישראלי חמישה מטוסי קרב בריטיים, שנמצאו בטיסת ביון מעל לאזור הקרבות. הידיעה חשמלה את וושינגטון, ובמחלקת המדינה לא חיכו לתגובת ממשלת בריטניה הנבוכה, ומיהרו להזהירה פן תיגרר לתגובה. 
 

ב-5 עד ה-10 למרס 1949 נערך מבצע 'עובדה' במטרה להציב כוח צבאי בנגב הדרומי, לרבות אילת. כן הורחק קו הגבול מצפון לבאר שבע, ונתפסה עין גדי שלחוף ים המלח. בעת המבצע נמשך המשא ומתן עם ירדן, וכדי למנוע התנגשויות העלולות לשבשו, הוטלו על חטיבות ' גולני' ו'הנגב' הגבלות מבצעיות 'בלתי אפשריות', כלומר, נאסר עליהן לבצע פעילות תוקפנית נגד האויב, אלא אם יותקפו. המפקדים השכילו לעמוד בהגבלות ביחס לירדן, ואילו בגבול שביתת הנשק עם מצרים הייתה הפרה מקומית של כללי הסכם שביתת הנשק הישראלית-מצרית, שהמצרים, משיקולים שלהם לא הגיבו עליה.
 

יצחק שדה

"רכבו על ג'יפ קליל שדהר בסערה,
שועט בדרך עוג'ה אל ח'פיר.
אחריו ממהרים הטנק עם בחוריו,
וכבר זקנו עולה ומאפיר.
חבר בגדוד העבודה
והוא היה לאגדה.
הלך הוא והזקין בדרכים העשנות"
אניטה שפירא מעריכה בספרה שמחדלים שאירעו במהלך הקרבות בדרום נבעו מכישלונותיו של יצחק שדה: "כאן מתגלה חולשה בולטת של אלון: הוא לא היה יכול להביא את עצמו לנזוף במורו ומפקדו לשעבר, ואף לא להטיל עליו את מרותו. אומנם שדה הצדיע לאלון, אך הצדעה לחוד – וציות לחוד". (שפירא, עמ' 382).
"יצחק רבין, שהיו לו הסתייגויות מהתנהגותו של שדה, נשמע אומר לאחר תקלה מבצעית במלחמת העצמאות – ש'הזקן יישב לו ב'כסית' ולא ינהל מלחמות". (דרור, עמ' 284).
 
פרופ' שפירא כתבה על שני האישים: "יצחק שדה קרן מנהיגות. כל דבר שעשה, עשה בדרך מיוחדת לו. בהיכנסו לחדר היה מושך את תשומת-הלב. ליגאל לא הייתה נוכחות כזו. יצחק שדה היה יכול לחבק אותך, אך לא עלה על הדעת שאתה תחבק את יצחק שדה. את יגאל – כן. שדה לא השלה את עצמו ואותך שאתם שווים. יגאל, לעומת זאת, נתן הרגשה שאתם דומים, שהוא מעין אח בכור שראוי לשמוע מה בפיו. שדה לא הקרין רצינות בוגרת, אלא שובבות נעורים של 'זקן': הוא אהב יין, נשים יפות, ארוחות דשנות. הוא קשר ידידות נפש עם נתן אלתרמן. הפלמחניקים נדהמו לא פעם למראה שני גדולי הדור שהגזימו בשתייה. בעיני הנערים הפוריטנים היה קסם רב בהתנהגות הבוהמיינית, המופקרת קמעה. לראשונה בחייהם נחשפו להתנהגות שחרגה מן הנורמות המקובלות והיה בה משהו נועז, שאך הוסיף להילה הלא-קונבנציונלית של האיש. לשדה היה מותר להיות אחר. הוא גם אהב לתפוס פוזה מהפכנית: היה מרבה לספר את עלילותיו בצבא האדום בתקופת מלחמת-האזרחים ברוסיה ונערי ארץ ישראל היו מאזינים פעורי פה. הצבא האדום בתקופת מלחמת-העולם השנייה היה נושא שהצית את הדימיון.
לשדה היה הקסם של הזר ויוצא-הדופן, יגאל הצטיין בדיוק בתכונות הפוכות, הוא היה תמיד מסודר ונקי... אל מול הרשלנות הכביכול-מהפכנית של שדה, העמיד יגאל מודל מסחאי-קונבנציונלי. את שדה לא היה ניתן לחקות או להעתיק. את יגאל היה אפשר ואפשר. הוא היה בר-השגה, ועם זאת ידע ליצור אווירה כזאת – שאנשים לא יכלו לסרב לו. מעולם לא היה מתפרץ. אנשים לא זכרו אותו מרים קול. הוא היה, כדברי גלילי, 'אמן בדידקטיקה של גישה לאנשים'. הוא הכיר את המוטיבציה האנושית לגווניה, וידע לדבר עם כל אדם אגב פריטה על הנימים הקרובים לליבו. היו שדרשו זאת לגנאי – אמרו שיגאל הוא 'סיאסניק' (סיאסה – פוליטיקה בערבית), ואם הוא טופח לך על השכם, היזהר, הוא הולך לסדר אותך" (שפירא, עמ' 240-239).
 

יגאל אלון ויצחק רבין

עמוס חורב, תיאר ארבעים שנה לאחר מות מפקדו את הנחת היד על הכתף באור אחר:: "אני אהבתי את יגאל, קשה להסביר את זה, אבל אהבתי אותו ממש. לא אשכח את הפגישה הראשונה שלי איתו. אני התגייסתי ב-41, הייתי מ"פ. לאבי היה מפעל בירושלים, והוא היה במצוקה, ורציתי לקבל חופש של מספר שבועות לסייע לו. אמרו לי לפנות אליו, ונפגשתי איתו, יגאל שם את ידו על כתפי, ורצה לשמוע את בקשתי, הוא היה כל כך אנושי, הוא לא נתן לי שום הרגשה שנעשה דבר מחוץ למשורה. אז הכרתי את יגאל כבן אדם. ואני לא אשכח את היד על הכתף. הוא היה מנהיג, מפקד חכם,  ובן אדם. רע זה מה שהיה יגאל. את הפתגם של שייקספיר:  
“He was a man, take him for all in all. I shall not look upon his like again.”
(מ. מקום 17).
 

הן אפשר ובג'יפ שעבר
שאגו בחורים כי נגמר

ב-11.3.49 נכבשה אילת, ו'עובדה' הייתה לעובדה. בן-גוריון בא לאילת מרוצה ומאושר, והיה זה רגע אחרון של חסד ביחסיו עם אלון. ב-24.2.49 נחתם הסכם שביתת הנשק עם מצרים, ובן גוריון רשם ביומנו כי שזהו המאורע הגדול של 'שנת הגדולות והנצורות'. שר החוץ משה שרת התפייט ואמר שזהו ההסכם הראשון שנחתם בין ישראל למדינה ערבית, ויהודי־ערבי השני מאז הסכם ויצמן פייסל מ-1919. אלון התנגד בכל כוחו להסכם והטיף נגדו. אחד הסעיפים נגע לגורלם של כשלושת אלפי תושבי הכפרים פלוג'ה ועירק אל־מנשייה שישראל התחייבה שיישארו בכפריהם, ולא יאונה להם כל רע. אלון לא כיבד את ההסכם, וגרם להם לעזוב לעזה, בהסכמה בשתיקה של בן-גוריון וידין. משה שרת מחה ללא הועיל, ואמר שהמדינה אינה יכולה להפר הסכם שעליו חתמה.
"בקרבות שנמשכו לסירוגין כ-15 חודשים, מסוף נובמבר 1947 עד מחצית מארס 1949, עמדו היישוב ומדינת ישראל במטרת המלחמה ההגנתית שקבעו לעצמם וסיכלו את מטרות המלחמה של הערבים. ההנהגה היהודית העזה והכריזה על העצמאות, התנגדות ערביי הארץ נשברה, והצבאות הפולשים נהדפו. למעלה מ-6000 נפלו חלל (כאחוז מכלל האוכלוסייה היהודית), מהם למעלה מ-4000 חיילים". (קדיש, עמ' 65. מאמרו של אלחנן אורן: מלחמת העצמאות – מטרות, שלבים, מערכות ותוצאות).
על מערכת הבחירות הראשונה שהתקיימה בינואר 1949, עוד לפני תום הקרבות, כתבה פרופ' אביבה חלמיש:
"מפ"ם, וגם יריבתה מפא"י, הציבה על בימותיה קצינים בכירים שהיו אז בשירות צבאי פעיל.  במפ"ם בלטו האלופים יצחק שדה ויגאל אלון, ובמפא"י סגני האלופים משה דיין ואסף שמחוני. באספות הבחירות של מפ"ם נאמו גם מיטב המשוררים והסופרים של 'דור תש"ח', אולם הקצינים המהוללים, המפקדים הבולטים של הפלמ"ח ושל ההגנה ואישים ידועים נוספים שהשתייכו למפלגה ושמותיהם היו מוכרים לציבור, כל אלה לא הוצבו במקומות ראליים ברשימת מפ"ם.
זה היה כמעט מובן מאליו. מפ"ם של אז - מפ"ם המאוחדת - הייתה מפלגת הלוחמים, מפלגת החבר'ה, מפלגת הפלמ"ח ושאר החטיבות הקרביות. נדף ממנה ריח ניחוח של ארץישראליות אמיתית, שורשית. היא דיברה על שלום ואחוות עמים, ובשלהי מלחמה ארוכה ואכזרית זה היה מסר שרצינו לשמוע. כל האנשים שהערכנו והערצנו בימי המלחמה - החל ביצחק שדה ויגאל אלון וכלה בשמעון אבידן מגבעתי - היו אנשי מפ"ם. אך מפ"ם זו, שהייתה אבן שואבת ל'מיטב הנוער', הייתה מנותקת מקבוצות אחרות בחברה הישראלית, שהלכו וגדלו עם בוא העולים החדשים. מהקמת המדינה עד סוף שנת 1948 נכנסו לישראל יותר ממאה אלף יהודים, ואלה הגדילו את האוכלוסייה כמעט ב-17%. אולם גם לאחר שלציבור הבוחרים הצטרפו רבבות מצביעים חדשים, מפ"ם שידרה במערכת הבחירות תכנים מימי היישוב, שהיו זרים לרוב אלה שמקרוב באו. היא קידשה מסגרות וערכים מן העבר, ובמרכז עולמה ניצב הקיבוץ. מאפייניה הסוציאליסטיים והאתאיסטיים היו זרים לרבים מעולי ארצות האסלאם; המסרים הקולקטיביסטיים והערצת ברית המועצות הרתיעו רבים מאלה שהגיעו לא מכבר ממזרח אירופה... כצפוי, מפ"ם הייתה המפלגה השנייה בגודלה, אבל ההישג שלה היה רחוק מן התחזיות. (חלמיש, עמ' 36-35).
מפא"י בהנהגת בן גוריון זכתה ב-46 צירים ואילו מפ"ם, המפלגה השנייה בגולדה ב-19 צירים. בן-גוריון העדיף לבנות קואליציה עם החזית הדתית המאוחדת, ושלם לה את המחיר שדרשה, ובלבד שמפ"ם תיוותר באופוזיציה. 
שנים רבות הססו רות ויגאל אלון האם להביא ילדים נוספים לעולם. הם לא ידעו עד כמה לפיגורה של נורית יש סיבות גנטיות, אך בנובמבר 1948 נולד בנם יפתח והילד היה נחמד, והתפתח יפה. השהות עם נורית בבית החלה לסכן את הילד, ולאחר לבטים רבים הוחלט לאשפזה במוסד מתאים בבריטניה. 
    ב-1949 נסעו לבריטניה, אשפזו את נורית בסקוטלנד בתמיכה כספית של 'הקיבוץ המאוחד'. רות שבה ואלון נטל, לאחר שנים של לחימה, חופשה בת חודשיים בלונדון ופריז, ורבין החליף אותו בתפקידו כמפקד חזית הדרום. 

היה זה סיפור שסופו ידוע מראש

  יכולתו של בן-גוריון לפטר את אלון לאחר הצלחותיו בשדה הקרב נבעה מחיזוק מעמדו, כפי שכתב אלחנן אורן: "במלחמה ואחריה גברה ההערכה לבן-גוריון, ויש שהרקיעה לכדי הערצה ופולחן אישיות. בביוגרפיה שכתבה ברכה חבס על בן גוריון הוא הוכתר בשם 'האחד ודורו', על משקל 'האחד בדורו'. יש שהוא תואר כעין 'אבי האומה' הכול-יכול, הנוהג לבדו במדינה ובעם. יש שהוא תואר כ'נביא האוחז בחרב', ואף כ'משיח' כביכול". (קדיש, עמ' 68. מאמרו של אלחנן אורן: מלחמת העצמאות – מטרות, שלבים, מערכות ותוצאות).
ההדחה של אלון הייתה ברוטאלית גם בהתייחס לסגנון התנהלותו של בן-גוריון שלא היה ידוע כסמל של יחסי אנוש תקינים: "הסינדרום של 'היכה שאול באלפיו ודוד ברבבותיו' – כלומר הקנאה של המנהיג הזקן בכוכב צעיר הזוכה לתהילה ולאהדת הציבור – לא נחשב כבלתי מתקבל על הדעת". (שפירא, עמ' 461). אלון כתב כי אביו, ראובן פייקוביץ "כאיכר חשדן נוהג היה לומר: 'בן-גוריון איננו סובל שותפים לניצחון. לכן פירק את הפלמ"ח שלך, לכן ישמח אם תפשוט את המדים'". (בית אבי, עמ' 209).
 
ההיסטוריון תום שגב כתב כי היה זה גם עימות דורי: "אנשים כיגאל אלון, ילידי הארץ, היו אמורים להגשים את החלום הציוני על 'היהודי החדש' בארץ ישראל: הבעיה הייתה שהתבגרו מוקדם מדי. דור העלייה השנייה עוד לא איווה לפנות להם את מקומו". (שגב, עמ' 416). 

אלון השתוקק להישאר בצבא, והאידאולוגיה הנוקשה של מפ"ם עם ההערצה לסטאלין ולקומוניזם, לא תאמה באמת את השקפת העולם של בן האיכר ראובן פייקוביץ. מאז סיום 'מבצע עובדה' ניסה להתרחק ממנהיגיה של מפ"ם, ובסוף מארס 1949 התקיים מפגש טעון בצריף של טבנקין בעין חרוד, שעל תוכנו ידוע רק ממכתב שיצחק בן-אהרן שלח לאלון. ככל הנראה באותו מפגש אלון אמר שבגלל שאינו יכול לשנות את פני התנועה שאחוזה באידיאולוגיה הפרו-קומוניסטית שלה - החליט לפרוש ממנה. הוא האשים את גלילי באי קידומו בצבא, והעמדות שביטא היו קרובות יותר לאלו של בן-גוריון.
 

יצחק טבנקין, יגאל אלון ויצחק בן-אהרן

בן-אהרן כתב: "מבחינה ציבורית מוסרית זרקת לנו בעצם גט כריתות. דבריך בחדרו של טבנקין היו מכה אנושה לכולנו.
אינך עוד אדם פרטי – הנך נכס התנועה והיא קוראת לך למקומך.
אינך אדם חסר יצרים מדיניים וציבוריים... שכמותך אינם פורשים למנזר.
חלילה לך לפתוח תלם בודד וערירי משלך". (שפירא, עמ' 457-8).

לאחר שובו נפגש פעמיים עם בן גוריון, שהבהיר לו, שכאיש מפ"ם, קיים כלפיו חשד חמור של אי-נאמנות לביטחון המדינה ועצמאותה, ועל כן אין לשבץ אותו או את חבריו בתפקידי פיקוד. התבטאות מעליבה למדי כלפי מי שחודשים קודם היה אחראי על הניצחונות הגדולים ביותר של מלחמת השחרור. אלון דימה שבן-גוריון השליך לו חבל, ורמז שאם יתנער מחבריו הוא יוכל להמשיך בקריירה צבאית. באותו זמן הנאמנות לתנועה והזעם על החשד בנאמנותו גברו, והוא התפטר מהצבא. בראיון שקיים עמו ההיסטוריון אורי מילשטיין סמוך למותו נשאל "האם אתה מצטער שלא עברת ב-1948 למחנהו של בן גוריון?'. השיב אלון: 'לו הייתי עושה זאת, לא הייתי יגאל אלון. לו הדברים היו מתרחשים שנית הייתי נוהג באותה דרך, על אף המחיר הכבד שהיה עלי לשלם'". (מנור, עמ' 26).
אניטה שפירא כתבה: "כוחה המחבק של הישות הקיבוצית, כולל הבית בגינוסר, היה חזק מכוח ההינתקות של אלון. פעם אחת הוא כבר קרע רקמה של בית, אורח-חיים, מסורת. האם יעשה זאת פעם שנייה? האתוס האבירי, שיגאל חש עצמו מחויב לו, מצווה על נאמנות. לפי אתוס זה, החצייה של הקווים איננה משקפת שינוי עמדה, הערכת מצב אחרת או נטיית לב, אלא בגידה בעקרונות, ובראש ובראשונה בחברים. הניסיון של אלון לפרוש כנפיים ולעוף מן השמורה של הקיבוץ המאוחד אל המרחב בפתוח נכשל באיבו". (שפירא, עמ' 458). 

 

האם צדקה פרופ' אניטה שפירא כסיימה את סיפור חייו של אלון בגיל - 31, לאחר תום מלחמת השחרור?

הביוגרפיה 'אביב חלדו' שכתבה פרופ' אניטה שפירא הסתיימה במה שנראה בעיניה כנקודת השיא בסיפור חייו - הצלחותיו כמצביא במלחמת השחרור. להערכתה המשך דרכו בחיים הפוליטיים היו החמצה, ואינם מצדיקים התייחסות בספר המסכם את פועלו. היא כתבה כי אף שמילא מגוון רחב של התפקידים, ובהצלחה, הוא "הותיר אחריו דימוי של מפסידן, המנסה שוב ושוב להגיע אל הפסגה, וכושל בדרך... לאחר שעזב את הצבא, קפא קסמו ולאט-לאט דעך, הוא הגיע לשיא חייו לפני שמלאו לו 31 שנה... השאר היה בבחינת מבוא מתמשך לפרק הבא, שמעולם לא הגיע". (שפירא, עמ' 498).
הדמות העולה מהביוגרפיה שכתבה היא של אדם חביב, שתכונתו הבולטת ביותר היא היותו חבר נאמן: (הערה מספר 2). מעין 'יפה הבלורית והתואר' בגרסת 'שיר הרעות' הפלמחא"י. חבריו הנאמנים זעמו על החלטתה, ו-12 שנים מאוחר יותר כתב ד"ר אודי מנור ביוגרפיה של אלון הממשיכה מהנקודה בה הסתיים "אביב חלדו" של שפירא. בספרו של מנור מוזכרים קשריו של אלון עם הרולד וילסון הבריטי, הנרי קיסינג'ר, ובמיוחד עם הפילוסוף הנודע סיר ישעיהו ברלין שכללו החלפת דעות והערכה הדדית עמוקה. ברלין, שהכיר את אלון בעת לימודיו האקדמיים באוקספורד, לא פסק מלהחמיא לאינטלקט שלו, התייחס בכובד ראש להערכותיו, וקבע בצער כי אלון עשה טעות בכך שלא בחר בקריירה אקדמית מזהירה. רחוק מאוד מדמותו של 'העלם החביב' שבתיאוריה של שפירא. 
אהרון ידלין ענה לכתב שהגדיר את אלון 'כאיש שלא היה', וכוונתו הייתה לאיש שרצה אך לא היה רמטכ"ל, שר ביטחון או ראש ממשלה: "לא נכון הדבר, יגאל הוא האיש שהיה. האיש שהיה מהוגי הדעות המדיניים הפוריים ביותר אחרי מלחמת ששת הימים; האיש שהיה מחדיר שאר רוח ואופקים רחבים ותעוזה וחדשנות בכל תפקיד ממלכתי; האיש שהיה המאחד הגדול של התנועה הקיבוצית; היה יחיד סגולה בקרב במנהיגות הישראלית בתחושתו ובהכרתו כי החברה בישראל היא פלורליסטית מובהקת". (מנור, עמ' 435). אלון כתב כמה ספרים ביניהם 'מסך של חול', 'כלים שלובים', 'בתחבולות מלחמה', 'מוקדים – קו אדום', 'בחתירה לשלום', 'קשת לוחמים', 'מערכות פלמ"ח', 'אסטרטגיה של שלום', 'קרבות ההכרעה בחזית הדרום', ו'נתיבי פלמ"ח'. הוא כתב גם ספר זיכרונות בשם 'בית אבי', וכאן המקום להזכיר את המשפט שאמר במלות מאה שנים לייסוד המושבה ראש פינה שמרבים לצטט: "עם שאינו זוכר את עברו, גם ההווה שלו דל ועתידו לוט בערפל".
  ד"ר אודי מנור, שכתב את ביוגרפית ההמשך אמר כי החשיבות בדיון בהמשך דרכו של אלון היא בלימוד דרכו, שהיא אקטואלית בימים אלו מתמיד:
"'עם כל הכבוד לצבע ולאנקדוטות ולדיבורים על ‘ג'נטלמן' ו'קילר אינסטינקט', בעיני ואני חושב שגם בעיניו, זו החמצת העיקר. העיקר היה האלטרנטיבות שהוא הציע, בכל תחום. הוא היה איש פוליטי, שהציע חלופה פוליטית משמעותית בכל השאלות שאנחנו עוסקים בהן היום: אם זה ביחסי עבודה - הזכות לשבות לצד החובה לעבוד, וחשיבות הזכויות הסוציאליות לעובדים; אם זה חינוך - שר חינוך שנותן כבוד למורים, לתלמידים, שכיבד את הרב־תרבותיות, שהביא לצ'רקסים מורים שידעו צ'רקסית רק כדי שלא יאבדו את שפתם; אם זה היחס שלו לאיכות סביבה - הוא היה הראשון שהקשיב למומחים בנושא כבר בשנות ה־70, כשכל האחרים זרקו אותם מכל המדרגות; ואם זו אתיקה בפוליטיקה, נושא שהעסיק אותו מאוד'.
עיקר העיקרים, מדגיש מנור, 'הוא החלופה שאלון הציע למה שנעלם מחיינו - מרכז שפוי: הוא היה מרכז אמיתי, מהסוג שנעדר מחיינו היום, מרכז של ‘גם וגם' - לא של ‘או–או', של ‘כלים שלובים', כשם ספרו, לא של ‘שחור ולבן', כי החיים עצמם הם לא שחור־לבן. זה גם להתכונן למלחמה, וגם לחתור בכנות ובהתמדה לשלום. זה לא לפחד להכיר בפלסטינים - אבל להגיד ‘לא' לאש"ף, זה להתווכח עם חבריך בפוליטיקה - אבל לא לחתור תחתם. מה שנותר לנו היום זה שיח של קצוות'". (מראה מקום 16).
גם דני קורן, בהקדמה לספרו של מנור, התקומם נגד הזלזול בפועלו של אלון כשר בממשלות ישראל: "בתחום הממלכתי עסק יגאל אלון בקשת רחבה ומגוונת של נושאים: בנושאי חוץ וביטחון. ביהודים, ערבים ובדואים. בעבודה, בקליטה, בחינוך, בתרבות וכחלק מכך בתיאטרון ילדים. בתחבורה תוך התמקדות בנושא תאונות הדרכים. באיכות הסביבה, תחום שהוא היה הראשון שראה את חשיבותו הרבה ועוד. הוא התעניין בכול. בהכול היה אכפת לו, ושום דבר לא היה שולי בעיניו. יגאל אלון אמר פעם לעוזרו הקרוב יוסי קוצ'יק, שהיה רוצה להיות 'החצרן של המדינה', וכמו בקיבוץ לטפל בכול". (מנור, עמ' 18). 

 

לימודים

אלון החל ללמוד בשנת 1950, לאחר שנואש מהמשך הקריירה הצבאית, באוניברסיטת אוקספורד שבאנגליה. בתחילת לימודיו הרגיש כמו ביומו הראשון בכדורי, ונתקל באותו פער ברמת הידע מול חבריו לספסל הלימודים - אך כמו בתיכון גם כאן הצליח להדביק את הפער, וסיים את שנת הלימודים השנייה בהצטיינות. בספטמבר 1952 גבר הלחץ של אנשי התנועה 'לאחדות העבודה', והוא חזר ארצה כדי לסייע בבחירות. הפילוסוף ישעיהו ברלין כתב לו (בעברית) שהוא מצטער על עזיבתו, ובאחד מספריו הודה לאלון על תובנה שתרם לו בעניין המשותף בין קרל מרקס לבנימין ד'יזראלי. 
אורי יזהר כתב: "בעת לימודיו באוקספורד בשנים 1952-1950 עבר אלון את תהליך הבשלתו האינטלקטואלית. שם נפגש לראשונה עם עולם הרוח של המערב ועם המחשבה והמעשה של מפלגת הלייבור הבריטית. יחסו של אלון לברה"מ נעשה באותה עת ביקורתי ביותר בגלל היעדר הדמוקרטיה בה. הלייבור הבריטי, גם אם לא הגשים את כל מה שהיה יכול להגשים, היה לאלון הדגם הרצוי של מפלגת מעמד רחבה. הסוציאליזם הדמוקרטי היווה עבורו דוגמה נאותה יותר מהדיקטטורה הקומוניסטית להגשמת הסוציאליזם במדינות קפיטליסטיות מפותחות". (יזהר, עמ' 182). 
  הוא שב ללימודים בסמינר קיץ של הרווארד, שנוהל על ידי הנרי קיסינג'ר, בחודשי הקיץ של 1957. קיסינג'ר ייעץ לאלון: "עליך להקדיש עצמך למחקר ולכתיבה בנושא פילוסופי מדיני". (מנור, עמ' 108). השניים שמרו על יחסי ידידות במהלך השנים, וקיסינג'ר ביקר אותו בגינוסר.

למה לי פוליטיקה עכשיו?

לאחר תום המלחמה ציפו הכול כי אלון ימצא את מקומו בצמרת הנהגת המדינה, אך הדבר לא קרה. השיוך הפוליטי שלו למפלגה 'הלא נכונה', שפגע בקריירה הצבאית שלו, פגע גם בקידומו הפוליטי, ואלון התלבט באשר להמשך דרכו.
אלון עצמו כתב: "עד היום אינני יכול להתייחס בסבלנות לכל צורה של תעמולה מפלגתית... הורגלתי לשיטת ניהול פעולה בממדים של כוח ואפשרויות ואף סמכות יתרה, האעמוד במבחן החדש?". (שפירא, עמ' 289).
אוהביו ומעריציו של אלון, תהו האם יתאים אלילם ליום הקטנות של העיסוק המפלגתי, ולתככים המהווים חלק בלתי נפרד ממנו. רות ביקשה שלא יהפוך "לפעלתן מפלגתי. משום מה נדמה לי כי בגד זה לא היה מתאים לך. אני סבורה גם שהשפעתך בקרב הנוער הייתה יורדת". (מנור, עמ' 49). 

חיים גורי כתב: "מפעם לפעם אני חושב עליו, על אלון, האיש שגייס אותי לפלמ"ח בראשית 1941: 'מצויים בו בבן האיכרים הזה אותם 'יסודות' העושים את איש השורה למנהיג: יצרים חזקים, סמכות ואחריות, כוח הכרעה, קסם אישי שובה לב, יכולת לשלוט באנשים, עורמה כתבלין, חזון ומעוף – ורעב כבד לתמורה ולעשייה. אלא שנתונים אלה נתערבו ונתמזגו בתכונות אחרות: יושר אישי, היעדר חנופה, נאמנות לחברים, הגינות ביחסי אנוש וסירוב לסתגלנות. ייתכן שהדבר הפריע לו ב'קריירה' שלו". (מנור, עמ' 31).
 

גם חברו ומורה הדרך שלו בנבכי הסוציאל-דמוקרטיה, הרולד וילסון שהעריך את אלון הערכה עמוקה, קבע כי הוא מתאים פחות לעיסוק הפוליטי כי הוא חסר את ה - killing instinct.
אלון הבין כי הדרך היחידה להגיע לעמדת השפעה היא באמצעות הפוליטיקה, שאותה הגדיר כ'אומנות האפשרי' ולא כ'תיאולוגיה', וערך אבחנה בין 'פוליטיקה' לפוליטקניות' שדומה לאבחנה שבין לאומיות ללאומנות. הוא הביע נכונות להיכנס לפעילות, עזב את לימודיו האקדמיים באוקספורד לפני סיומם, ושב כדי להשתתף במערכת הבחירות.
 

המסע אל ההנהגה

יצחק שדה נפטר באוגוסט 1952, וזמן קצר לאחר מותו נערך בגבעת ברנר כנס לזכרו. הייתה זו הפגנת כוח של יוצאי הפלמ"ח ו'הקיבוץ המאוחד', בה השתתפו מעל לעשרת אלפים איש שנאספו לזכרו של שדה, אך גם כדי לפגוש את אלון. הוא נאם באופן מליצי, רהוט, ושוחח באנגלית עם ורה ויצמן. עמוס חורב סיפר: "'נוכחתי עד כמה התקופה הבריטית השפיעה עליו – הקהתה את התגובות האינטואיטיביות, הבריאות שהיו לו. נעשה יותר מתוחכם, חושב, שקול, פחות התרגז. יגאל מלוטש כזה. פתאום הוא היה נורא תרבותי, וזה לא תרם למעמדו". (שפירא, עמ' 469). (הערה מספר 3).

נאומו בכנס לזכרו של יצחק שדה סימן את חזרתו לזירה הפוליטית, והעובדה כי נאומו לא הוזכר ב'על המשמר' של השומר הצעיר, אך הובא במלואו בעיתון 'דבר' הייתה בעלת משמעות.
האיחוד בין 'השומר הצעיר' ו'התנועה לאחדות העבודה' מ-1948 שהוליד את מפ"ם - נועד במקורו להוות אלטרנטיבה למפא"י שבשליטת בן-גוריון, אך התוצאות בפועל היו מאכזבות. בצד האכזבה מחוסר המעש הנובע מישיבה באופוזיציה, הרי שההבדלים האידאולוגיים שתמיד היו קיימים בין 'אחדות העבודה' ל'שומר הצעיר' התעצמו. כזכור שתי התנועות התאחדו למפלגה אחת, אף על פי שטבנקין ואנשיו התנגדו לתוכנית החלוקה בשל אובדן שטחים, ואילו יערי ואנשיו התנגדו לה כי דגלו במדינה דו-לאומית. הכרזת המדינה ומלחמת השחרור המעיטו בחשיבותו של הפער האידאולוגי, אך בתחילת שנות החמישים הוא שב והתעורר. היו אלו הימים של הטרור הסטליניסטי שכוון הפעם גם נגד יהודים, וההערצה לברית המועצות כבר חדלה להוות דבק בין שתי התנועות. משפטו של רודולף סלנסקי בפראג ומאסרו של מרדכי אורן, פעיל מפ"ם, עוררו זעזוע בקרב תומכיה האדוקים של ברית המועצות. משפט הרופאים שהיה מלווה בגל של אנטישמיות ואנטי-ציונות החמיר את המצב, ופשעיו של סטלין כבר היו ידועים לכל מי שסירב לטמון את ראשו בחול.
 גם במפא"י העניינים היו יגעים, והתנהלותו של בן-גוריון עוררה יותר ויותר ביקורת: 'שורת המתנדבים' העלתה טענות קשות על שחיתות שלטונית שבה היה מעורב גם בנו של ראש הממשלה. השימוש שעשה בכוחות הביטחון להטמנת מיקרופונים במשרדו של מאיר יערי, ומשלוח אלף שוטרים לקיבוץ יפתח כדי שיתערבו בסכסוך שפרץ עקב הפילוג המפורסם בקיבוצים - עוררו זעם ופחד מדיקטטורה.
אלון, שהיה תמיד אקטיביסט ביטחוני, וסלד מהאידאולוגיה של 'השומר הצעיר', היה נחוש בדעתו לפרק את השותפות שלדעתו הזיקה לתנועתו, וכפתה עליה ישיבה ועקרה באופוזיציה. חיים גורי, כתב לאלון לאחר פגישה עם ישראל גלילי ומשה כרמל אנשי 'אחדות העבודה': "לאחי הגדול שלומות, משום מה ליוותה אותי מחשבה מרה ולא בפעם הראשונה. מדוע הם כה צודקים וכה חסרי ישע". (מנור, עמ' 67).
זרובבל ארבל, איש הפלמ"ח כתב: "אלון חזר ומצא אותנו במפ"ם כשכולם בוכים. טבנקין אמר 'אנחנו בשבי'. הוא כינס אותנו, את הג'חשים של 'הקיבוץ המאוחד'. אורי יופה ודן לנר ואני ומולה כהן וזרובבל גלעד, ואמר, חברה, תשמעו. אני הולך לפרק את מפ"ם, ולהקים מחדש את 'אחדות העבודה'. כולנו אמרנו, 'אנחנו הולכים איתך'". (מנור, עמ' 65). כצעד ראשון ארגן מימון להוצאת העיתון "למרחב". אלון נתפס כדמות המרכזית שהובילה את הפילוג שאירע ב-1954.
אורי יזהר כתב על המפלגה שלאחר פירוק מפ"ם: "למן תחילת דרכה כמפלגה עצמאית מתחדשת ניצבה 'אחדות העבודה פועלי ציון' בפני הצורך להגדיר לעצמה את זהותה, הן עבור חבריה והן כלפי חוץ. קבלת הפנים הציבורית למפלגה החדשה ישנה לא הייתה אוהדת. מפ"ם האשימה אותה באחריות לפילוג וטענה שפניה למפא"י. מפא"י קיבלה את פניה בתערובת של עוינות כלפי ההופעה המחודשת של 'סיעה ב'' וחשש מפני אפשרות של נגיסה בכוחה. במיוחד חששו במפא"י מפני השפעתו של יגאל אלון על הנוער. הן מפא"י והן מפ"ם, כל אחת מטעמיה שלה, טענו כי 'אין מקום' ביניהן למפלגה ציונית סוציאליסטית נוספת". (יזהר, עמ' 132).

נואם באסיפת בחירות לכנסת השלישית

בבחירות לכנסת השלישית שהתקיימו באוגוסט 1955 קיבלה מפא"י 40 מנדטים, 'אחדות העבודה פועלי ציון שמאל' 10 מנדטים, ומפ"ם (הפעם רק 'השומר הצעיר' ללא אחדות העבודה') 9 מנדטים. אלון היה פעיל במסע הבחירות והופיע ב-102 אסיפות. הפעם הם נכנסו לממשלה וקיבלו מינוי של שני שרים. אלון היה חבר כנסת מן השורה, וחבר בוועדת החוץ והביטחון. 
בבחירות נובמבר 1959 ירדה כוחה של אחדות העבודה, ותחושת הכישלון הועצמה כי אלון הוצב במקום השני אחרי ישראל גלילי. ככל הנראה הציבור בא בחשבון עם המפלגה שהתנגדה לפינוי סיני לאחר 'מבצע קדש', אך נותרה חברה בקואליציה. אלון היה ממארגני ההפגנות נגד הפינוי שנעשה בלחצה של ארצות הברית, וקריקטורה הציגה את 'אחדות העבודה' כנלחמת בנסיגה - אך זו שמהממשלה. 

הפגנה בתל אביב נגד הנסיגה מסיני 1956

כמה חודשים לאחר השבעתה ביקש אלון לעזוב את הכנסת ולצאת שנית ללימודים באוקספורד. ככל הנראה התאכזב מחוסר נכונותם של חברי מפלגתו להתאחד עם מפא"י. 
אלון לא מצא עניין מיוחד בתפקידו כחבר כנסת מן השורה, והוא חזר ללימודיו באוקספורד לשמחתו של פרופ' ישעיה ברלין. התזה שלו עסקה, לאחר שהתייעץ עם טבנקין, באפריקה ואסיה בעידן המודרני, והוא התמקד בתקופה שהחלה עם חדירת הפורטוגזים לחופי אמריקה המערבית, ולשולי יבשת הודו. ביקש גם לעסוק בנושא של העולם המוסלמי ועמי ערב. 
בעוד אלון שקוע במגדל השן האוקספורדי הקריר, הגיע המצב הפוליטי בארץ לנקודת הרתיחה בשל העיסוק ב'הפרשה' הידועה גם בכינוי 'העסק הביש'. הגל החדש של העיסוק ב'פרשה' נבע ממלחמת הירושה שהתנהלה בין בני הדור השני של מפא"י שהמתינו בסבלנות שבן-גוריון יפנה להם את הזירה, לבין צעיריו, משה דיין ושמעון פרס שביקשו לדלג עליהם בדרך אל השלטון.
בשנת 1961 היה בן גוריון בן 75 שנים, ונאמניו הצעירים: דיין היה בן 46 שנים ושמעון פרס בן 38 שנים. בני דור הביניים היו: אשכול (בן 66), וחברי הטרויקה פנחס ספיר (בן 55), גולדה מאיר (בת 63) וזלמן ארן (בן 62). "הם התקוממו כנגד קידומם של ארבעה מצעירי המפלגה, ד"ר גיורא יוספטל, אבא אבן, משה דיין ושמעון פרס, על ידי בן גוריון... דבר זה בא לידי ביטוי בדברי פנחס ספיר: 'יש אנשים שאצה להם הדרך והם עומדים עם השעון ביד ומחכים לתורם', ועוד יותר בדימוי הציורי שבו השתמש זלמן ארן (שר החינוך באותן שנים), כאשר הכריז על כוונת הוותיקים למנוע את דחיקתם: 'קראתי על אסקימואים שכאשר זקנו ונשרו שיניהם, מוציאים אותם הרחק לשלג עם קצת אוכל שיגוועו. אבל אנחנו - הוותיקים - לנו יש שיניים!'". (סואן עמ' 196). 
הבעיה הגדולה של מפא"י הייתה שעם הפילוג מ'אחדות העבודה' בשנת 1948 – אבדו לה בני 'מיטב הנוער' של הפלמ"ח, וחסר לה דור המשך. בן-גוריון קידם צעירים שנאמנותם הייתה נתונה אישית לו ולא לבני דור הביניים של מפא"י. התוצאה הייתה שככל ש'צעירי בן-גוריון' גילו את כוונותיהם לדלג על דור הביניים, חזרו אלו לחזר אחר 'אחדות העבודה' וצעיריה, קרי יגאל אלון.
אצל בן-גוריון, לאחר שנים כה רבות של שלטון, התעצמו התכונות של נקמנות, עקשנות שהתדרדרו למה שנראה לרבים כמסע נקמה אובססיבי בפנחס לבון. הוויכוח היה על דרישת בן-גוריון להקמת 'ועדה משפטית' שתבדוק את שאלת האחריות לפעולה הכושלת, ותיתן תשובה לשאלה מי באמת 'נתן את ההוראה'. אלון דווקא תמך בדרישתו של בן-גוריון להקמת ועדה משפטית שתבדוק את שאלת מתן ההוראה, אך בתנאי שתחקור לעומק גם את נושא היחסים בין הדרג הצבאי (דיין) למשרד הביטחון (פרס) ולשר. תקוותו הייתה כמובן שהוועדה תמצא את משה דיין, ואולי גם את שמעון פרס אשמים במתן ההוראה לביצוע הפעולה הכושלת. 
ההנחה הרווחת כיום, שנים רבות לאחר שוך הסערה, היא שמי ש'נתן את ההוראה' היה משה דיין. הייתה זו עדותו המאוחרת של בנימין ג'יבלי, ועדותם של הנידונים ששבו לאחר שנים רבות בכלא המצרי, וטענו שדיין לא דאג שישוחררו בעסקת חילופי השבויים לאחר 'מבצע קדש'. הם סיפרו לאחר שחרורם בתום מלחמת ששת הימים, כי מפקד הכלא הודיע להם בשמחה (לאחר מבצע קדש) כי הם עומדים להשתחרר כי בידי ישראל מצויים כ-5000 שבויים מצרים, ביניהם השופט שגזר את דינם שכיהן כמושל עזה. העובדה כי בוצעו חילופי שבויים והם נותרו בכלא לעוד עשר שנים תמימות היא אחת מהסוגיות המטרידות ביותר בנושא 'הפרשה'. 
לאחר שחלפו שנים רבות שבהם נאסר עליהם לדבר, סיפרו רוברט דסה, מרסל ניניו וחבריהם את קורותיהם לסופר אביעזר גולן שפרסם את סיפורם בספרו "מבצע סוזנה". בספר נכתב כי בכלא פגשו, שנים לאחר מבצע קדש, את העיתונאי רב ההשפעה מוסטפה אמין שהיה מקורב לנאצר, אך הושלך לכלא לאחר שסר חנו. הוא התיידד עם האסירים היהודים וסיפר להם כי בזמנו היה בסוד העניינים של המשא ומתן עם שלטונות ישראל על שחרור השבויים. הוא גילה לחבריו לכלא כי במהלך המשא ומתן הצד הישראלי כלל לא ביקש את שחרורם. "היינו בטוחים שהישראלים יבקשו אתכם. הרי לא היו בידינו כמעט שבויים שלכם. אבל הישראלים לא ביקשו. התפלאנו מאוד על כך". (סוזנה עמ' 238).
משה דיין היה הרמטכ"ל עטור התהילה שעל פיו יישק כול, והוא שהיה אחראי על המשא ומתן. גם לאחר מלחמת ששת הימים כמעט ויתרו פעם נוספת על שחרורם, וייזכרו לטוב האלוף מאיר עמית שלא הסכים לוותר ואיים בהתפטרות, וכן הטייסים ששהו בשבי המצרי האכזרי, וחתמו כי הם מוכנים להישאר בכלא חודשים נוספים ובלבד שישחררו גם את אסירי 'הפרשה'. 
לקראת בחירות 1961, נענה אלון לקריאה להפסיק את לימודיו, ושב ארצה. הוא היה מושך הקולות הגדול של מפלגתו, והופיע ב-120 אסיפות במשך 44 ימים. למרות האופטימיות והרוח הגבית הם קיבלו רק מנדט אחד יותר. במנדטים שמפא"י הפסידה בגלל העיסוק הבלתי נגמר ב'פרשה' זכו ה'ליברלים' ו'חרות' - ולא השמאל. 
רות והילדים יפתח וגוני עדיין התגוררו באנגליה, ואלון קיבל מלגת מחקר נדיבה מטעם אוניברסיטת אוקספורד לטובת מסע בעולם לשם העמקת מחקרו. הוא התלבט בין המשך הקריירה האקדמית ובין החזרה לקלחת הפוליטית, ובאוגוסט 1961 החליט לחזור ארצה כדי להתמנות לשר העבודה. 

יפתח וגוני במסיבת ההפתעה שנערכה בכפר תבור לרגל יום הולדתו ה-60 של אביהם

אלון, שזכר הדחתו הברוטאלית משירות הביטחון היה עדיין צרוב היטב בזיכרונו, התקרב עוד צעד אחד אל עבר מפא"י - מפלגת השלטון, בלי לזנוח את מפלגתו. לבני מרשק כתב עוד מאוקספורד: "כל שנותיי, ואפילו בימים של יחסים קשים הייתי קרוב לבן-גוריון יותר מאשר לכל מנהיג אחר במפא"י פרט לברל כצנלסון" (מנור, עמ'151). עתה הגיעה עת הפיוס, והחתירה לקראת קואליציה כאשר מטרתו הייתה לאחד בסופו של תהליך את שתי המפלגות בחזרה, ולעמוד בראש המפלגה המאוחדת. 
בן-גוריון ניהל עם גלילי ואלון, בהם פגע פעמים רבות, שיחת נפש על העבר ועל העתיד. כל השלושה היו מודעים להתחזקותה של תנועת החרות, והאופן שבו היא מוצאת מסילות ללבם של העולים החדשים בעיירות הפיתוח ובשכונות, וצפו שיהיה מהפך. 

עם ישראל גלילי

אלון הצר על ביטול זרם העובדים בחינוך, ודיבר על זרם החינוך של הדתיים שכוחם נובע "לא רק מהאמונה שלהם באידאולוגיה דתית, אלא בעיקר דרך ארגון ההורים סביב בתי הספר שלהם. בית הספר הדתי הממלכתי הוא בית ספר דתי, הוא לא ממלכתי, הכסף הוא ממלכתי אבל זהו בית ספר מפלגתי פר-אקסלנס". (מנור, עמ' 152). בן-גוריון ענה על דרישתם לחידוש זרם העובדים בחינוך: "אתם חיים יותר מדי בעבר, ואתם צעירים ממני". (שפירא, עמ' 474). 
 

שר העבודה 1968-1961

הדברים אולי נשמעים כמליצה, אך מלמדים מדוע אלון, בכיר מצביאי מלחמת הקוממיות, לא קונן, כאלו שהספידו אותו על מר גורלו לאחר שהודר מתפקידי הביטחון, אלא מילא ברצינות ובאחריות גם תפקיד כשר העבודה. 
אלון היה שר יעיל ומועיל, ובין הישגיו ניתן למנות את חתימת ההסכם קיבוצי של ההסתדרות הכללית עם התאחדות התעשיינים המסדיר את יחסי העבודה במשק עד היום, וצווי ההרחבה של ההסכמים הקיבוציים. הוא יזם את חקיקת חוק 'בית הדין לעבודה', חוק 'פיצויי פיטורין', 'שכר שווה לעובד ולעובדת', ותיקונים בהוראות הביטוח הלאומי. אלון דגל בכך שאיגוד מקצועי אינו נשפט על פי מספר השביתות והרעש שהוא מחולל אלא בהישגים מדידים לעובדים. נושא הכבישים היה בסמכותו המיניסטריאלית, והוא נתן לנושא עדיפות ראשונה, בשל אותו עקרון של 'כלים שלובים', כי כבישים טובים מבטיחים מקומות עבודה ואיכות חיים בכל חלקי הארץ.
זלמן חן, מראשוני משרד העבודה, שהלחין וכתב את מילות השיר 'שורו הביטו וראו', סיפר כי אלון כמנהל נתן לעובדיו "חופש תמרון שהיה בעיניו דרך להנעת עובדים, ולפיתוח רוח היצירתיות". (מנור, עמ' 163). 
כשר העבודה העניק אלון גיבוי לגזירות הכלכליות של שר האוצר לוי אשכול שנועדו לייצב את המשק ולהוציאו מהמשבר. חברו לסיעה יצחק בן-אהרון, התנגד כסוציאליסט לפעולותיו של אשכול, פרש במאי 1962 מהממשלה, ופרסם מאמר בשם "עוז לתמורה בטרם פורענות". במאמרו מתח ביקורת על תנועות הפועלים שהפיצול הביאן לסוף דרכן, וקרא להקמת מערך חדש. מאמרו היה בעל השפעה ושפע מליצות כמו: "מלאו בתינו וחצרותינו פגרים ושברי חרסים, והם חונקים את חיי הרוח". (יזהר, עמ' 325)..

איחוד תנועות הפועלים
אלון שאף, עוד בימים שניסה להשתחרר מאחיזת 'מפ"ם' בימי הדחתו מהצבא, להגיע למוקד השליטה, דהיינו מפא"י בלי לזנוח את חבריו והתנועה שאליה השתייך. הדרך לחזרה אל לב הקונסנזוס בלי לשבור את הכלים - הייתה על ידי איחוד בין מפלגתו לבין מפא"י, אך הדרך להגשמה הייתה ארוכה ומסובכת.

אלון קיווה שבבחירות 1965 תקום רשימה של שלוש מפלגות הפועלים: מפא"י, אחדות העבודה ומפ"ם. לאור סירובה העיקש של מפ"ם, אמר שאם מפ"ם תסרב ומפא"י תסכים, הוא יהיה מוכן לאיחוד עם מפא"י בלבד, כי "אני לא יצאתי ממפ"ם כדי להישאר פונקציה שלה מבחוץ". (יזהר, עמ' 322). מול חלום האיחוד ניצבו מפ"ם אליה חברו טבנקין וותיקי 'הקבוץ המאוחד' - ומהעבר השני בן-גוריון וצעיריו – משה דיין ופרס.
יותר מדי 'דם רע' זרם בין בן-גוריון להנהגת 'אחדות העבודה' וה'הקיבוץ המאוחד'. יותר מעשור חלף מתום מלחמת השחרור, אך בן-גוריון עדיין שש להתחשבן על הקרדיט לניצחון. הוא טען שתרומת הפלמ"ח הייתה מועטה, וחזר שוב ושוב על סיפורו שלאחר שהוא פירק את הפלמ"ח (כי מזימתם הייתה להקים צבא מפלגתי פרטי בתוך הצבא): "נטשו אלון וכרמל את צה"ל, כשכרמל אומר 'בצבא זה לא אשרת', וטבנקין הורה לשאר אנשי הקיבוץ המאוחד לפרוש ממנו. אנשי 'אחדות העבודה' גילו רגישות רבה להאשמות הללו, הכחישו אותן והעלו על נס את תרומת הפלמ"ח והתנועה הקיבוצית לניצחון במלחמת העצמאות. הם האשימו את בן גוריון בעשיית שגיאות קשות בניהול המלחמה, בסילוק מכוון של אנשי 'הקיבוץ המאוחד' ו'מפ"ם' מצה"ל, בסילוף האמת ההיסטורית על מלחמת העצמאות והתקופה שלאחריה, ובהתנכלות להם בתחום הפוליטי. בייחוד רגזו על האשמת בן גוריון כאילו נתנה הנהגת הקיבוץ המאוחד הוראה לחבריו לפרוש מצה"ל לאחר פירוק הפלמ"ח". (יזהר, עמ' 296).
העימות עם בן-גוריון לא נסב, כמובן, רק על שאלות היסטוריות, אלא בעיקר על מלחמת הירושה שהתנהלה בכל עוצמתה בין דור הביניים של מפא"י, הדור הצעיר של 'אחדות העבודה' (אלון), לבין צעירי בן-גוריון (דיין ופרס).
גם בתנועתו של אלון הייתה התנגדות קשה לאיחוד:
אלון טען נגד חבריו שהם חייבים "לחדול מהפסיכולוגיה ה'המלטית' של 'להיות או לחדול". (יזהר, עמ' 291). טבנקין הגדיר את האיחוד עם מפא"י כ'תוכנית אוגנדה' שלנו, ואת מירב הכעס הפנה נגד אלון שלדעתו נאבק למען הקריירה שלו ולא מטעמים אידאולוגיים. 

עם יצחק טבנקין

הוא אמר שהמאבק האישי רב השנים בין אלון לדיין מפחית מערך שניהם, ומוכיח ששניהם אינם ראויים לראשות הממשלה. טבנקין תאר ביומנו את דעתו על מאפייניו של אלון: "קלות דעת, שאפתנות, ויתורים, הזדהות אמריקאית, אצה לו הדרך". (יזהר, עמ' 437). 
"החברות, אותה תכונה ש'הקיבוץ המאוחד' השתבח בה שנים רבות, נפגעה. היו גילויים של אי אמון וחשדנות בין המחנות, אמירות קשות ואף הימנעות משיחות גלויות בפורומים מצומצמים ומפגישות אישיות בין אנשים משני המחנות. באחת מישיבות מזכירות הקיבוץ המאוחד אמר יגאל אלון, אז שר העבודה, כשהוא פונה אל השוללים המרוכזים סביב טבנקין היושב בסמינר אפעל: 'אני אהיה הביצועיסט ואתם באפעל תחליטו מה שתחליטו!? לאכול את כל הצפרדעים ולהופיע כשומרי כסאות - זה לא יכול להיות'". (יזהר, עמ' 367).
מי שסייע לאלון במהלכי האיחוד, אף שכמובן זו לא הייתה כוונתו, היה בן-גוריון שלא הניח ללבון ול'פרשה', המשיך לרדוף אחר פתרון השאלה 'מי נתן את ההוראה' ולדרוש את אותה ועדת חקירה משפטית. 
ההיסטוריון פרופ' טוביה פרילינג חיווה את דעתו על התנהלותו של בן גוריון: "אמן תחושת העיתוי, שידע תמיד מתי נכון לאחוז את ההיסטוריה בקרניה, אך לא חש עד כמה איבד את התחושה הזאת באחרית ימיו... הוא זימן לביוגרפים שלו ולחוקרים אותו הזדמנות גדולה: המנהיג הכריזמטי, המרכזי, 'הכול יכול', שהצליח להוביל את בני עמו - כמעט בעל כורחם - אל המדינה, נטל על עצמו גם את מלאכת הניתוץ של דמותו". (סואן, עמ' 200). 

צילום דן הדני

אנשי 'אחדות העבודה' הזדהו עם לבון במאבק זה, ודרשו לבטל את הדחתו כתנאי לאיחוד עם מפא"י. אלון כתב לגלילי באופן פרטי: "חוששני שאנו קושרים את עצמנו (ולכן גם את ידינו) יותר מדי עם אישיותו של פנחס לבון. לפי מדיניותו והתנהגותו בעבר אין הוא ראוי לכך" (מנור, עמ' 142).
אשכול עמד כעת בראש המאבק בצעירי בן גוריון כשהוא נתמך על ידי ספיר, גולדה, זיאמה ארן ובני דורם. האיחוד עם 'אחדות העבודה' היה חיוני לאשכול כתריס נגד איום הפרישה של בן-גוריון ותומכיו מהמפלגה. איום שהיה תלוי מעל ראשו וסיכן את אחיזתו בשלטון.
בביוגרפיה של שרגא נצר נכתב על ההתלבטויות של אותם ימים: "כניסת 'אחדות העבודה' ונגדה איום בפרישה של בן-גוריון ו'צעיריו' – פירושה שלמרות שמתפטרים מדיין ומפרס, כוחה האלקטוראלי של המפלגה פוחת, ויש להתחלק בשלטון כמפלגה עם קבוצה אחרת של 'צעירים', זו שאבדה לה לאחר פרישתה של סיעה ב' – אלון, גלילי ובן-אהרון. דומה הדבר כאילו באים עכשיו 'לבטל' את פירוק הפלמ"ח, שמפקדיו, וה'הקיבוץ המאוחד' נוטרלו במשך כשש עשרה שנה מלקחת חלק במפלגת השלטון. אם כי היו שותפים לקואליציות. מצד שני, אין ספק שכניסת 'אחדות העבודה' עתידה לחזק את כוחם של ההנהגה הוותיקה ושל ה'גוש' – נגד 'צעירי בן-גוריון'. אכן דילמה לא קלה". (בן עזר, עמ' 196-7).
הסכם המערך הובא לדיון בוועידת מפא"י בשנת 1965, ואושר ברוב של 63% לאחר דיונים סוערים. בן-גוריון, שכינה את 'אחדות העבודה' כת, ונאמניו התפטרו, והצטרפו בכך לדיין שהתפטר עוד בנובמבר 1964 עקב אי אמונו במנהיגותו של אשכול. ביוני 1965 החליט בן-גוריון, בניגוד לעמדת דיין ופרס שנגררו אחריו בעל כורחם, להקים רשימה עצמאית בשם רפ"י. 
אלון השלים את המהלך אליו חתר שנים רבות, ועמד בראש מטה הבחירות של 'המערך הזוגי' (של מפא"י ו'התנועה לאחדות העבודה פועלי ציון') בבחירות לכנסת השישית ב-1965. ההצלחה הייתה מזהירה: המפלגה המאוחדת בראשות לוי אשכול קיבלה 45 מנדטים, ואילו בן-גוריון וצעיריו, קיבלו רק עשרה מנדטים.

מלחמת ששת הימים

הזיכרון הציבורי היה קצר, הצלחותיו של אלון במלחמת השחרור נשכחו והושכחו, ואילו דיין שכיהן כרמטכ"ל במבצע קדש נתפס בתודעה כ'מר ביטחון'. פעיל שהשתתף בישיבת מפא"י סיפר: "שלושה אישים ממש נאבקו שאלון יקבל את תפקיד הביטחון: גולדה מאיר, זלמן ארן ושאול אביגור. אבל כל היתר, פרו-רפ"יסטים, ואנטי-רפ"יסטים, פרו-בן-גוריוניסטים ואנטי בן-גוריוניסטים – ממש אחזה בהם האימה! פיק ברכיים קולקטיבי". (מנור, עמ' 191). ההמשך ידוע, דיין מונה לשר ביטחון במקומו של אשכול, וקטף את כל תהילת הניצחון הצבאי המזהיר.
שובם של 'צעירי בן-גוריון' למפלגת הפועלים הגדולה נסללה מחדש, והפעם ללא 'האב הגדול'. דיין אמר: "היו דרושים 80 אלף חיילים מצרים בסיני כדי להחדיר אותי לתוך ממשלת ישראל". (מנור, עמ' 192). מעמדו של דיין כגיבור לאומי, ואף בין-לאומי הדאיגה את 'זקני מפא"י והם דחפו לאיחוד מחודש (משולש). בינואר 1968 הוקמה מפלגת העבודה הישראלית כאשר מפא"י, אחדות העבודה - פועלי ציון ורפ"י (פרס ודיין) התאחדו למפלגה אחת. דוד בן-גוריון לא הצטרף לאיחוד זה. דיין הצהיר כי "הוא הולך לאיחוד בחדווה' אבל 'כדי להיאבק שם שאשכול לא יהיה ראש ממשלה וספיר לא יהיה שר האוצר'". (מנור, עמ' 208). 
אלון חזה שנים לפני כן שהתפוררות מפא"י "תביא לאלטרנטיבה ימנית המורכבת מ'חירות' והמחנה הבן-גוריוניסטי אשר יפרוש ממפא"י". (מנור, עמ' 192-3). תחזית אשר התממשה בחלקה.
אלון כיהן מיולי 1968 עד דצמבר 1969 כשר הקליטה וכסגן ראש ממשלה.

 

שאול, דוד והנביא שמואל

סיפורי המקרא היו חלק מחייו של הילד יגאל פייקוביץ בכפר תבור. בספרו 'בית אבי' כתב: "השיטוט על הגלבוע או בקרבתו העלה לעיני את חייהם, הוד גבורתם ומותם של שאול ויהונתן. וכמו להשלמת התמונה הטראגית, הרי מחלון ביתי ממש יכולתי לראות את הכפר הערבי עין-דור. רוחו של מלכי שאול, המלך העצוב והאהוב עלי מכל מלכי ישראל. ריחפה על פני המקום. 
יום אחד הגיע מרצה לכפרנו – שאול טשרניחובסקי, אשר שימש תקופה קצרה כרופא במושבה שלנו. הלכתי גם אני לשמוע את הרצאתו על שאול, דוד ויהונתן. הייתי ילד ולא כל דבריו זכורים לי כמובן, אבל אני זוכר את ההשוואה שערך בין דמותו של שאול לדמותו של דוד. 'צאו וראו' אמר המשורר 'כמה גדול היה שאול המלך. את ההיסטוריה כתבו מלחכי הפינכא של דוד, אבל אפילו הם לא הצליחו לגמד את קומתו. ואם כך יצאה דמותו מתחת ידיהם, קל לשער כמה גדול באמת היה האיש'. ליבי, לא הלך אחר דוד אלא אחרי שאול – האיש שיצא לבקש את אתונות אביו ומצא את המלוכה... גם לשמואל, אשר נטש את שאול, שמרתי טינה בלבי". (בית אבי, עמ' 33-31). הנשיקה היחידה שקיבל מאביו הייתה לאחר אותה הרצאה, כשהילד הנרגש סיפר לאביו על הזדהותו עם שאול.
ההשוואה בין אלון לשאול המלך ליוותה אותו כל חייו: שניהם החלו את דרכם כנערים כפריים שנסקו אל המעמד הגבוה ביותר, וסיימו את חייהם כגיבורים טראגיים. שניהם היו גבוהים משכמם ומעלה מכל העם, ונשחקו במאבקים מול העורמה והאכזריות, זה של דוד וזה של דיין. בן-גוריון שהדיח את המצביא הצעיר והמצליח והחליפו בדיין - מילא במחזה את תפקידו של שמואל הנביא. 
בספרו בית אבי פירט אלון את עוולותיו המוסריות של דוד ואמר, שעוד כילד, לא האמין לקינותיו על כל אלו שנרצחו. גם על מוסריותו של דיין הייתה לו ביקורת: במכתב לרות כתב ששמע מקצין המקורב דווקא למפא"י: "משה דיין ידע לעשות פרסומת לעצמו כלוחם אדיר בשחיתות שעה שהוא עצמו לקח לביתו שלל שתפס מידי מסתננים כאשר כיהן כאלוף פיקוד הדרום, ולא נרתע מלשלוח ידו בביזה גם בימי מבצע 'סיני'. הקצין הוסיף כי 'הקצינים ללא הבדל מפלגה, נקעה נפשם מתכסיסיו ומאי יושרו". (מנור, עמ' 107). 

בספרו 'מסך של חול' כתב ברמז לא מסווה לדיין: "דין הוא כי המפקד בכל דרגה ינהג ריסון מופלג ביצריו הטבעיים, וידיר עצמו לחלוטין ובאורח עקבי מהרפתקאות של אהבהבים. לחץ ופיתוי של מפקד ומדריך זוטר, וכל שכן של קצין בכיר ומבוגר על נערות הנתונות לפיקודם ולאחריותם הם בגדר ניצול לרעה של עמדת הפיקוד ומדובר במעשה בזוי. (מנור, עמ' 129). 

רות, יגאל והבת גוני

רמתו המוסרית של דיין לא הייתה בגדר סוד, אך נטו לסלוח לו כי האמינו שהוא מצביא דגול, וחשוב שיאחז בהגה הביטחוני של המדינה. כידוע דימוי זה נשבר במלחמת יום הכיפורים ואלון כתב: 
"'הייתי פחות מסוחרר מהאישיות שלו לעומת 'אחרים' שאומנם לא היו מאוהבים, נאמר, בסולם הערכים שלו, אבל האמינו שיש לו כישרונות צבאיים מיוחדים'. באשר לעצמו, אמר אלון בנקודה זו: 'לי דווקא היה ספק בכך. עד כדי כך שלא היה לי ספק שסברתי שבאמצע המלחמה היו צריכים לזרוק את דיין". (מנור, עמ' 296).

הנוף מפסגת הר נבו
מותו של אשכול בפברואר 1969

אלון ביקש למצב עצמו כיורשם של בני העלייה השלישית, שכונו 'זקני מפא"י'. הוא היה לויאלי, הגון והוביל מדיניות שניצבה בלב הקונצנזוס, להבדיל מדיין שהיה להם כסדין אדום. אורי יזהר קובע כי הצלחתו הייתה חלקית: "מנהיגי חטיבת מפא"י ידעו כבר ב-1968 שאשכול חולה מאוד ולא יאריך ימים. ספיר, האיש החזק במפא"י, הועיד לתפקיד את גולדה מאיר. אנשי מפא"י חששו כי בחירת אלון עלולה לגרום לפילוג. חסידי דיין עלולים לפרוש ולהתחבר עם גח"ל כדי להכתיר את דיין לראש ממשלה. זו גם הייתה הסיבה שגולדה מאיר הסכימה להיות מועמדת, מספר שנים לאחר שפרשה מהממשלה. מאלון ומאנשי אחדות העבודה אנשי מפא"י לא חששו, שכן נאמנותם הייתה מובטחת. את אלון הם חיבבו בגלל תכונותיו האישיות ואחריותו המפלגתית והמדינית, אך לא סברו שכפוליטיקאי הוא קשוח דיו ומסוגל לצבור עוצמה כדי להיות ראש ממשלה. מדיין הם חששו. בנוסף לכך סברו ספיר וחבריו להנהגת מפא"י כי טרם הגיעה העת לבחור ראש ממשלה שלא מאנשיהם. בחירת ראש ממשלה מאחדות העבודה או רפ"י הייתה מחלישה את כוחם במוסדות המפלגה ובסניפים. עם גולדה מאיר כראש ממשלה, 'מפא"י ההיסטורית' ממשיכה לשלוט, גם אם ויתרה על חלק מנכסיה הפוליטיים". (יזהר, עמ' 465). 

אשכול כינה את אלון "קוואלריה קלה", כלומר חיל פרשים וכוונתו הייתה שאינו מתאים לראשות הממשלה. לאלון הם כמובן לא גילו את הערכתם, ופנחס ספיר אמר לו שמבחינת הבשלות והבגרות תורו להיות ראש ממשלה, אבל אם ימונה – אנשי רפ"י יפרשו לעל כן זה חייב להיות מישהו מיוצאי מפא"י. האיזון העדין בין שלושת מרכיבי המפלגה פעל עוד פעם לרעתו של אלון, ועל כן נקראה גולדה השחוקה והחולה לתפקיד ראשת הממשלה כי ענתה על 'תנאי האי-פסילה' של יוצאי רפ"י. 
בפועל כיהן אלון במשך שלושה שבועות, מפטירת אשכול ב-26 לפברואר 1969 ועד לבחירתה של גולדה לראשות הממשלה. בבחירות באוקטובר 69 לכנסת השביעית זכתה הרשימה המאוחדת להצלחה גדולה. בן–גוריון ערך עוד ניסיון סרק לחזור ולהיבחר אבל נכשל, ופרש מהכנסת ומהחיים הפוליטיים. אלון מונה לשר החינוך ולסגן ראש הממשלה. 

שר חינוך וסגן ראש ממשלה, 1969 עד 1974

אלון התמסר לתפקידו כשר החינוך בהתאם לתורת 'הכלים השלובים' בה דגל, ועל פיה החינוך הוא יסוד מהותי בחוסנה של החברה. הוא עסק בפיתוח הרפורמה בחינוך, קידום האינטגרציה, הרחיב את חינוך החובה לגילאי הגנים, סייע לאורנה פורת להקים את התיאטרון לילדים ולנוער, הגביר את לימודי הערבית, יזם את חוק חינוך החובה על כיתות ט' וי', קידם את מפעל המתנ"סים וספריות ציבוריות, האוניברסיטה הפתוחה ושירות לאומי לבנות שאינן מתגייסות.

השקפת עולמו באה לידי ביטוי במחלוקת סביב הצגת המחזה של חנוך לוין – 'מלכת האמבטיה' שעוררה זעם בחלקים של הציבור הישראלי. נציג המפד"ל בעיריית תל אביב - יפו פנה אליו בדרישה שיבטל את התמיכה הכספית בתאטרון הקאמרי בגלל העלאת המחזה. תשובתו הייתה: "אני מסכים איתך כי פורנוגרפיה ופסולת גרידא אינן חדלות להיות מה שהן גם כאשר מעטפים אותן באצטלה של אמנות ותרבות. השאלה מי יקבע מהי פסולת? הממשלה? העיריות? הסוכנות היהודית? אני גם מסכים עימך, כי תאטרון הזוכה בתמיכה ציבורית חייב להיות ראוי לכך, אך אני מתנגד לשימוש בשוט התקציבי להכתבה צנזורלית, החורגת מזו שאושרה בחוק והמופעלת הלכה למעשה, על ידי משרד הפנים. הדמוקרטיה, כשיטת ממשל, נוטלת על עצמה - מדעת - סיכונים רבים. החופש הרפרטוארי הוא אחד מהם. חלילה לה לממשלה להפעיל את השוט התקציבי לסכירת הפיות או להכתבת הטעם, גם כאשר אין זה לטעמה. לצערי אינני רואה דרך אחרת לגבור על חולשתה זו של הדמוקרטיה, חולשה שהיא גם מקור כוחה". (מנור, עמ' 234).

מלחמת יום הכיפורים

השתתפותו, כשר בעל רקע ביטחוני, בממשלת המחדל – פגעה אף היא בסיכויי מועמדותו של אלון לראשות הממשלה. כמה חודשים לפני מותו אמר: "לא הייתה לי הרגשה של מועקה מיוחדת בנשיאה באחריות בעניין מלחמת יום הכיפורים, שהרי אי אפשר לנהוג עם אותו אדם בשתי אמות מידה. בשביל להיות שר הביטחון למלחמת ששת הימים, מביאים את דיין להציל את המצב, למרות שאשכול רצה בי וכל הממשלה רצתה בי. אבל מרגע שיש כישלון, אז פתאום אני צריך לשאת באחריות כמו דיין. לא!" (מנור, עמ' 287-8). 
יצחק רבין, רמטכ"ל הניצחון במלחמת ששת הימים, שלמזלו הטוב היה שגריר בארצות הברית עד ראשית 1973, וכשפרצה המלחמה כיהן רק חבר כנסת מן המניין - היה למועמד המקובל על 'זקני מפא"י'. 
על דיין הופעל לחץ שלא להתייצב לישיבות הממשלה, אף על פי שהיה מדובר בממשלת מעבר אשר על פי החוק אי אפשר להתפטר ממנה. משהוצגה הממשלה חדשה בראשותו של רבין ביוני 1974 - נעדר שמו של דיין מרשימת השרים, לראשונה מאז 1967.
רבין ניצח בבחירות, והיה לראש הממשלה החמישי של מדינת ישראל וה'צבר' הראשון בתפקיד זה. בגיל 52 היה צעיר ראשי הממשלות שנבחרו עד אז, והראשון שנולד במאה העשרים. כמו כן, היה ראש הממשלה הראשון שהתחנך במלואו במערכת החינוך הישראלית והראשון ששירת בצה"ל. הוא מינה בלב כבד את פרס לשר הביטחון, עוד פעם כי היה חשש שפרס ואנשיו יעברו לשורות הליכוד, ועל כן היה ביכולתו להציע לאלון רק את תיק החוץ. אלון הפגוע שקל לסיים את דרכו בפוליטיקה, אך שוכנע על ידי חבריו להישאר. הוא קיבל עליו את התפקיד, אף שידע שבמציאות הישראלית שר החוץ אינו אדם בעל כוח להשפיע וסמכויות של ממש. מעמדו כסגן ראש הממשלה נותר בעינו, ומי ששילם את המחיר היה אבא אבן, שר החוץ המיתולוגי, שתמך בשמעון פרס. (הערה מספר 4)

שר החוץ
1974 עד 1977

אלון מינה את פרופ' שלמה אבינרי למנכ"ל משרדו, והשיב להתקפות על המינוי: "אם מדובר בדעות או באנשים הנחשבים בעלי דעה מתונה יותר - 'יונים' במינוח הנפוץ - מיד מתחוללת מהומה רבתי, תוך הדבקת תוויות ואפילו סממני היסטריה, כמו הביטוי 'תקיעת סכין בגב האומה'. זהו מנהג מגונה, שאם יימשך הוא עלול אפילו להתגלות כמסוכן". (מנור, עמ' 348). אמר, ולא ידע עד כמה צדק באבחנתו/נבואתו. הוא מינה את הרצוג כשגריר ישראל באו"ם, ולא התחשב בעברו כאיש רפ"י.
אלון קידם את היחסים עם מדינות אירופה: בשלב ראשון יזם שלושה ימי עיון בנוכחות פקידי האוצר, תעשיינים, חקלאים ועובדי המשרד, ופרופ' יעקב טלמון פתח את הכינוס בהרצאה על ההיסטוריה של אירופה. אלון ראה בחתימה על הסכם 'השוק המשותף' את ההישג הפוליטי הגדול ביותר של חייו. הוא קידם גם את היחסים עם בריטניה שאת מפלגת 'הלייבור' שלה כינה בשם 'הבית הרוחני שלי'. וילי ברנדט, קנצלר גרמניה הסוציאליסט, התארח בגינוסר ותמונותיהם שלו ושל אלון כשהם הולכים ברגל, שוחים, דגים ושטים בכנרת פורסמו בכלי התקשורת. ברנדט שהיה פעיל אנטי-נאצי בימים האפלים, סיפר בחדר האוכל של גינוסר כי פגש לאחר המלחמה בשוודיה קבוצה של סוציאליסטים יהודים שסיפרה על כוונתה לבנות קיבוץ, ואחד מחברי המשק קם ואמר שהיה חבר בקבוצה זו. גם מלכת הולנד יוליאנה ביקרה בגינוסר, ואלון דיבר על המגמות המדאיגות ביחס של הדור הצעיר באוניברסיטאות ובמפלגות הסוציאליסטיות לישראל. נשיא מקסיקו התארח בגינוסר, ובקיבוץ 'מפלסים' שחבריו הגיעו מדרום אמריקה, וניהל עמם בספרדית שיחה גלוית לב על סוציאליזם, חקלאות והתקווה לשלום.
הקשרים עם מדינות אסיה ואפריקה עניינו אותו עוד בימי לימודיו באוקספורד, וכחבר כנסת ניסה לשבור את חומת העויינות של המשטר ההודי כלפי מדינת ישראל. פעמים רבות ביקש מחבריו לארח בקיבוץ אורחים מהודו ומדינות נוספות באסיה. אלון נפגש ביוזמתו עם אחותו של נהרו בלונדון, שהסבירה שיש לשלטון בהודו בעיה עם התושבים המוסלמים העוינים את ישראל. תשובתו הייתה שאין "זה אינטרס של הודו לראות בצמיחתו של פאן-ערביזם או פאן-מוסלמיזם מיליטנטי. הרי גורם בלתי מוסלמי חזק במזרח התיכון, כישראל, מחזק את סיכויי השלום". (מנור, עמ' 110).
העיתונאי שלמה נקדימון אמר כי אלון היה הראשון שזיהה את הסכנה בכור האטומי שהצרפתים מכרו לעירק, והתריע באזני ראשי הממשל הצרפתי על הניצול שעירק תעשה בטכנולוגיה זו. נקדימון מציין שהוא הבחין בסכנה לפני כולם, ורבין שכיהן כראש הממשלה לא התייחס לכך באותה חומרה. (מ. מקום 17).
נושא הגרעין. הגישה של אחדות העבודה: פיתוח יכולת כן, חשיפה ברבים לא, ושקיפות בתקציב הביטחון, לפחות לעיני שריהם. אלון זעם על דיין ופרס שביקשו לבטל את העמימות בנושא הגרעין, מתוך אמונה שההרתעה תמנע מלחמה: "את עמדתם של פרס ודיין, הגדיר אלון כ'טירוף דעת אבסולוטי'. אלון חרג מעט מהאיפוק שאפיין אותו והוסיף: 'אני חושב את זה לשיקול דעת מדיני אסטרטגי אינפנטילי עד כדי פסילת האנשים האלה מלעמוד בראש פירמידת ההכרעות המדיניות והאסטרטגיות". (מנור, עמ' 159).

גישתו של אלון לשאלת יחסינו עם מדינות ערב וערביי ארץ ישראל:
את עמדותיו של אלון אפשר להגדיר במושגי ימינו כניציים וימניים. הוא התקיף את בן-גוריון על שלא כבש את הגדה המערבית במלחמת השחרור, ארגן הפגנות נגד החזרת סיני לאחר 'מבצע קדש', וגירוש ערביי לוד ורמלה היה רשום על שמו. 

בימי הדיונים על 'הסכמי קמפ דיוויד' , אלון לא השלים עם הורדת היישובים שבגין הסכים לה ואמר: "הוא הקריב את פתחת רפיח. עוד לפני שנפתח המשא ומתן. ואל יאמר לי איש שהקונספציה של המערך בדבר גבולות בני הגנה על בסיס פשרה טריטוריאלית פשטה את הרגל בגלל הוויתור המר והנמהר על פתח רפיח ושדה עציון". (מ. מקום 12).
אלון האמין, כפי שכתב בספרו 'מסך של חול', כי העם היהודי היושב במדינתו אינו יכול להיות מובס במערכה, שכן תבוסה משמעה כיליון וחורבן. "תולדות עמנו העמידונו על כל אפסותו של הצדק שאין בצדו כוח, כי הצדק לבדו הוא סוס נייר. עם זאת שומה עלינו להישמר מליפול בפח השוביניזם המיליטריסטי, זה הרואה ברכב הברזל באשר הוא את התגלמות הצדק". (מנור, עמ' 239).
אך את אלון אין לבחון במושגים של שחור ולבן: מ-1954 הוא החל במסורת של 'מפגשי האביב' בגינוסר, אליהם הגיעו מאות ערבים משני צדי הקו הירוק. אלעד פלד, אלוף ופלמחניק, שניהל את משרד החינוך כשאלון היה שר אמר: "יחסו של אלון עבר מהפכה אטית אך עקבית. אחרי מאורעות 1939-1936 היה אלון משוכנע כי גורלות נקבעים רק באבחת חרב" (מנור, עמ' 35).

במפגשי האביב

אלון התנגד ל'ממשל הצבאי': הוא מחה מצד אחד נגד "שרירות הלב וקטנות המוחים של חסידי הממשל, ונגד התמימות של אנשי מפ"ם" (מנור, עמ' 38). הדרך הנכונה הייתה לדעתו הקפדה על סידורי ביטחון ושוויון זכויות אזרחי. מנור מגדיר את יחסו לערביי ארץ ישראל כלא נאיביות, אך גם ללא ציניות.
בנאום ביולי 1976 בפני קציני צה"ל הבכירים, התייחס לפסימיות הדיינית, המוכרת מאז 'נאום נחל עוז' על קברו של רועי רוטנברג באפריל 1956 - על פיה נגזר על ישראל להתגלגל מסבב אלימות אחד לשני עד קץ כל הדורות. "הפסוק המקראי 'אשרי אדם מפחד תמיד' הוא נר לרגלי מערכת הביטחון, וגם לאלון לא היה ספק בכך, אלא שהנטייה 'הפסימית' הייתה עלולה להפוך כלל זה למחסום בפני הבנה מורכבת יותר של המציאות. 'בעצמכם תבינו שיותר קל לגבש עקרונות לתוכנית שלום מאשר להשיג את השלום עצמו כי את העקרונות אתה מגבש לעצמך מתוך התחשבות מרבית, כמובן, גם בגורמים שאינם בשליטתך, בעוד את השלום עצמו צריך להשיג במשא ובמתן קשה ומייגע עם צד שני שאינו עיקש פחות ממך. בכל אופן חשוב לגבש קונספציית שלום גם כאשר השלום לא נמצא בהישג יד. לעולם אין לדעת מתי קיים סיכוי לשלום". (מנור, עמ' 343).
על החתירה לשלום אמר: "במלחמה יש תמיד מנצח ומנוצח. בשלום צודק שני הצדדים מנצחים. שלוש פעמים מדינות ערב העמידו אותנו במבחן בשדה הקרב. שיעמידו אותנו פעם אחת במבחן של שולחן הדיונים, ונראה". (מנור, עמ' 239).

תוכנית אלון
"כשבועיים לאחר תום המלחמה אמר אלון, 'כי רק עתה, קרוב לעשרים שנה לאחר קום המדינה, כאשר צבאנו עומד על הירדן וליד תעלת סואץ ועל הרמה הסורית, רשאים אנו לומר כי נסתיימה מלחמת השחרור". (מנור, עמ' 248). למרות התבטאות זו הוא הבין שיש בעיה דמוגרפית שאינה ניתנת לפתרון באמצעים של ימי מלחמת השחרור, כאשר לאחר מלחמת העולם השנייה בוצעו חילופי אוכלוסייה של מיליוני אנשים. חיים גורי אמר שהמהפך של אלון ממי שהצר על כך שלא 'סיימו את העבודה' ב-1948, למי שמוכן לוותר על חלקים מהגדה היה תהליך מורכב. 

"באחת מפגישותיהם האחרונות אמר אלון לחיים גורי שתמך בזמנו ב'תנועה למען ארץ ישראל השלמה': האמן לי גורי, חיבוטי קבר התחבטתי, בשבילו הוויתור על לב הארץ היה כוויתור על אבר מאיברי מגופו. היה בו איזה שינוי פוליטי, אסטרטגי, גם נפשי כשהוא הסכים לוותר על חלק מהארץ". (סרטו של אורי גולדשטיין על יגאל אלון. מ. מקום 13).

עם המשורר חיים גורי

ב-1972 אמר אלון, ואולי התכוון בעיקר לעצמו: "'בניגוד לכל חוקי ההיסטוריה הצלחנו לשחות, כעם, נגד הזרמים של האחרים. עתה שומה עלינו לשחות נגד החזק שבזרמים – נגד עצמנו'". (מנור, עמ' 445). 
אלון הרבה לצטט את הוגה הדעות קרל פון קלאוזביץ, מאבות תורת הלחימה המודרנית, שאמר כי "המלחמה אינה אלא המשך המדיניות באמצעים אחרים". היוזמה המדינית, על כן, היא חלק בלתי נפרד מתפיסת הביטחון. הוא גיבש מתווה על פיו ישראל תחזיק בשטחים הנחוצים לה ביטחונית - תחזיר שטחים שאינם נחוצים לה דמוגרפית, ותיצור רצועת ביטחון במזרח. 'מקסימום ביטחון ומינימום אוכלוסייה ערבית'. אלון העדיף חשיבה ביטחונית על פני 'טיעונים דתיים, רגשיים והיסטוריוסופיים'. התוכנית לא אושרה באופן פורמלי, אך עד 1977 הקפידו ממשלות ישראל להקים יישובים על פי התוואי של התוכנית.

מפת תוכנית אלון

התוכנית הייתה מבוססת על תפיסתו כי אין מקום למדינה נוספת בין הירדן לים ועל כן יש העדיף את מה שמכונה 'האופציה הירדנית'. הוא נפגש בחשאי עם המלך חוסיין, ורקם איתו תוכניות לשיתוף פעולה ישראלי ירדני לניצול מימי הירדן. 
וילסון, וילי ברנדט וקיסינג'ר תמכו ברעיונותיו, אך חבריו מ'אחדות העבודה' לשעבר שדגלו, בהשראת טבנקין, בתנועה ל'ארץ ישראל השלמה' – גילו התנגדות. "במונחים של זמנים אחרים, קואליציה לא רשמית של 'לנצח תאכל חרב' ושל 'שלום עכשיו ויהי מה' גינתה את תפיסתו של אלון. דרכו שילבה 'שלום בטוח – ולכן לאו דווקא עכשיו' עם 'כן לחרב – אבל רק כשאין ברירה". (מנור, עמ' 134). (הרצאתו של ד"ר אודי מנור על תפיסתו המדינית של יגאל אלון. מ. מקום 14).
 

המאבק על ראשות הממשלה

לקראת הבחירות הקרבות בשנת 1977, איתגר פרס את יצחק רבין, והציג את מועמדותו לראשות הממשלה מטעם המפלגה. אלון כהרגלו ויתר על ההתמודדות לטובת רבין, שניצח את פרס בהפרש קטן בבחירות הפנימיות שהתקיימו בפברואר 1977. בחודש מרץ פרצה שערורייה כאשר דן מרגלית, עיתונאי 'הארץ', פרסם את קיומו של חשבון בנק דולרי בארצות הברית על שם בני הזוג רבין. באפריל הודיע רבין בהופעה דרמטית בטלוויזיה על התפטרותו. פרס היה למועמד מפלגת העבודה ובבחירות מאי 1977 חל המהפך, ומנחם בגין היה לראש הממשלה. 

לאחר המהפך היו אלון ופרס לבכירי מפלגת העבודה, והיחסים ביניהם היו סבירים. הם שיתפו פעולה ביניהם, ולא היו ביניהם משקעי עבר כמו ביחסי אלון ודיין. עם זאת השניים זלזלו איש ברעהו: אלון בז לפרס על שלא לחם במלחמת העצמאות, וכינה אותו 'סוחר נשק'. הוא ראה בו אדם לא ישר, שתככיו ומגעיו עם גורמי ימין בתקופת ממשלת רבין היו בין הגורמים שהביאו למהפך השלטוני. "באספה פומבית אמר אלון לפחות פעם אחת כי 'יש אנשים שהם נכס אלקטורלי, אך יש אנשים שהם נאחס". גם פרס לא נותר חייב ואמר על אלון: "עברו וכישרונותיו מדברים לזכותו, אבל בגיל צעיר מדי שקע בתסכול בשל אותה תחרות חסרת סיכוי שניהל עם דיין – איש בעל מוח אוריגינלי והברקות מדיניות". "אף על פי שהוא בן כפר וחבר קיבוץ – הוא נוטה לגנדרנות: בטנות חליפותיו עשויות ממשי אדום, על ידו חגורת שעון מגונדרת, החפתים מצועצעים". (מנור, עמ' 419). 
במהלך שנת 1979 הגיע רגע האמת ואלון החליט סוף סוף להתמודד לראשונה בחייו על מועמדות לראשות הממשלה מטעם המערך בבחירות 1981. 
אחד המהלכים המרכזיים שאלון הוביל היה איחוד 'הקיבוץ המאוחד' עם 'איחוד הקיבוצים' כדי ליצור כוח חזק ורב יוקרה בתוך מפלגת העבודה, אשר, כך הניח, יתייצב רובו ככולו מאחוריו. רבין סייע לו, וחיים גורי, שהעיד על עצמו שאינו חבר מפלגה, ביטא את רחשי ליבם של הפלמחניקים שהתייצבו לצדו: "יחסו לאלון היה 'כמעט מוכתב מראש' מאז ימי הפלמ"ח, אותם ימים של 'חורשת גנוסר', שבהם הכיר את 'האיש הזה אמיץ הלב, שנועד להיות מספר אחד ואכן היה כזה עד שלהי מלחמת השחרור'". (מנור, עמ' 413).
אלון החל לארגן את המפלגה ודאג לתקציבה. פרס ואנשיו שלטו במנגנון, ואלון נכנס לעובי הקורה של מפקד החברים. פרס רצה התמודדות מיידית, ואילו אלון דרש לדחות אותה עד שיערך 'מפקד אמת' לקראת הוועידה. בתחילת ינואר הכריז רשמית על מועמדותו וארגן מטה בחירות כולל הכנת 'אתא', קבוצת אזרחים תומכי אלון, על משקל ההתארגנות בימי אשכול שנקראה אף היא אתא (אזרחים תומכי אשכול).
אורי יזהר כתב על סיכוייו בהתמודדות: "חוסר החלטיותו של יגאל אלון בעבר ואי נכונותו להתמודד ב-1969 לאחר מות אשכול וב-1974 לאחר התפטרות גולדה, יצרו לו תדמית של מי שנמנע מהכרעות והפחיתו את התמיכה בו, אפילו בקרב חברים לשעבר מהפלמ"ח. חיים ברלב, למשל, לשעבר רמטכ"ל ושר בממשלת המערך, שהיה לאחר המהפך למזכיר מפלגת העבודה, סירב לתמוך במועמדות אלון והתייצב לצד פרס. אלון ראה בכך בגידה, אבל ברלב לא השתכנע. כנימוק לאי תמיכתו באלון הביא ברלב את הימנעותו של אלון מהתמודדות בהזדמנויות הקודמות". (יזהר, עמ 531). 

עם חיים ברלב

אכזבה נוספת נגרמה לו בשל פעילות 'חוג בית ברל' שרבים מאנשיו הגיעו 'מהמחנה שלו', אך תמכו בפרס כי רצו לקדם באמצעותו את הכוכב החדש – יעקב לוינסון. הם נואשו מהציפייה לאלון, וראו בלוינסון, המנכ"ל המבריק של בנק הפועלים ששם מאוחר יותר קץ לחייו, את המועמד הראוי.

למרות האכזבות נמלא אלון רוח קרב ורות אלון סיפרה: "בסיוריו ברחבי הארץ הוא חש שהעם אתו, ונוהרים אחריו אנשים וחברים שכבר מזמן לא ראה אותם, והייתה לו הרגשה

אחרית דבר

דני קורן, עוזרו של אלון במשרד החוץ, תמצת בהספדו את דמותו של אלון במשפט אחד: "אין יותר 'מענטש' מאלון. המילה 'מענטש' קטנה עליו. ג'נטלמן". (מנור, עמ' 442).

לאחר מותו של אלון כתב חיים חפר את השיר:

ופתאום געגוע
מילים: חיים חפר
לחן: סשה ארגוב

ופתאום געגוע
כמו צמא אל הנחל
והבאר כמו נשאבת
עד הסוף, עד החול -
לא אבין עוד מדוע
רעותך לא נשכחת
וכמו חיה האבן
המכסה על הכול

ואלף מטריות שחורות
הולכות עדיין בגשם
את לב הסערה שוברות
בזעם וסליחה
ואלף מטריות שחורות
בזעם וסליחה
ואלף מטריות שחורות
רוצות אליך לגשם
ואהבה אליך קוראות
והיא כולה שלך...

וחוזר שוב היופי
של היד המפלסת
את חלום נעורינו
עלי ארץ רבה
ורושמת בנוף היא
בין חולות ובזלת
גם את שאת נערינו
בצבעי דם ליבה...

ואלף מטריות...

וצומח העצב
ונפתח כמו פרח
ואינני יודע
אם אביב הוא או סתיו
אך ירוק הוא הדשא
בסופה של הדרך
המחבק אותך רע
כמו שירנו עכשיו...

ואלף מטריות...